有母体世界的模型，还有母体世界的算法，陈长生很轻松的就在这个空白的世界里添加了一个母体世界无异的都市模板。
只是这个虚拟世界没有真正的人类，少了拥有自己想法的人，就少了很多的生气，比起母体世界，这里虽然与母体世界一样，但更容易被察觉出来是虚拟的世界……
在陈长生熟悉着这里的运行规律的时候，现实世界也是有了大变化。架构师说的一点都没错，当陈长生踏入源头的第一时间，机械帝国就展开了对锡安的攻击。
在母体世界时，墨菲斯前往参加的锡安会议就是为了商议这件事情。不过因为陈长生当时与流亡程序一块脱离了母体世界，导致创世纪号上的人根本就联系不到陈长生。
要不是现实中陈长生维生装置上依旧显示着生命状态正常，估计墨菲斯都以为陈长生死了。
这种舰长不在的情况之下，墨菲斯作为副舰长自然是当仁不让的承担起了舰长的职责。
不过此时陈长生的意识仍旧链接在虚拟世界之中，贸然切断链接只能会导致陈长生的死亡。作为救世主的陈长生，又怎么能够死亡呢，因此因此墨菲斯也只能是呆在能链接机械帝国网络的地方游弋。
这就相当于违背来自于锡安的命令了，毕竟锡安传来的命令可是所有悬浮船回到锡安听候命令来着。
现实世界中的创世纪号上的墨菲斯接收到了一则求救消息，来自于锡安的其他悬浮船。
求救信号就是来自地面之上，对此墨菲斯自然是要前去救援一番。陈长生的创世纪号制造出来之后，由于体型巨大就一直待在地面上进行游击战。强大的火力对付起零散游荡在大陆上的机器人简直不要太轻松。
而长时间没有遭遇到机械大军的围攻，也让墨菲斯的胆子大了不少，因此在接收到求救信号的第一时间，墨菲斯就准备前去救援。
在墨菲斯亲自驾驶战斗悬浮船前往救援的时候，意识上传室里就剩下尼欧和坦克两个人了，这两个还都是还陈长生的傀儡。
躺在意识上传座椅上，“尼欧”的身体突然开始分裂，然后不多时一具陈长生的身躯出现在意识上传室之中。
凭空又多出了自己的一具躯体，陈长生并未感受到什么不适，而虚拟世界之中的那具身躯因为现实中的身体生命体征依旧存在，也并没有消失。
好了，陈长生又发现了卡bug的手段了……虚拟世界的“尼欧”暂时无法离开，陈长生还需要他保存着来自于架构师的圆珠笔。
至于陈长生的本体，此时正是想要脱离创世纪号回到虫巢，去生成一个菌主储存阵列，探索自己的道路。
通过梅洛文这些流亡程序二五仔口中，陈长生得知了机器在现实之中都是通过无线网连接系统的，所以陈长生就想要借助自己的电磁掌控能力，来尝试着生成联网器官，从而获得自由进入系统的能力。
至于说如何掩饰自己的身影不被系统发现，陈长生已经是在小世界中开始向梅洛文等人请教了。
攻击锡安的二十五万机械章鱼，陈长生是不打算参与。二十五万对二十五万，很公平不是吗。
创世纪号在游击战上取得的巨大成果也已经是早就传到了锡安城中，因此游击战理论也正盛行在锡安的幸存人类之间。
以至于锡安城内的领导层也早早的就组建了锡安游击军，进行敌后骚扰，物资收集工作。虽然也会损失了一些悬浮船，但很明显得到的东西更多，这样就值得继续尝试了。
面对机械帝国25万机械章鱼的威胁，锡安城的那些内斗王者们终于是察觉到了致命的威胁，正式展开全面的合作。但即便这样，面对与人类同等数量的机械章鱼，很明显人类根本毫无胜算，因此逃亡派又开始组织起逃亡计划了。
不过准备逃亡归准备逃亡，该做的抵抗还是要做的，得益于最近在陆地上拾荒得来的巨大收获，锡安倒是有建造足够悬浮船的同时，还部署防御计划能力了。总而言之这是锡安最危险的时候，也是锡安最强大的时候。
有可靠的消息，机械章鱼大军正在从地面向着锡安地下城挖掘，因此现在幸存者们就面对了最尴尬的情况，是跑还是留……
机械与人类之间的战斗终究不会这么简单就结束的，如果结束了还玩个什么？最终是锡安城覆灭了，不过人类还存在着。
不仅仅指的是锡安乘坐这悬浮船逃亡的人，还指躺在营养舱中的人类。
陈长生到虫巢之后就开始了自己的菌主储存矩阵的构建，生物构造可比机械构造简单太多了。机械想要建造一个储存矩阵，最起码需要一整条完整的产业链，但虫巢制造菌主只需要足够的能量。
科学不就是在相互模仿吗？母体世界能做的那么完美，陈长生直接抄袭就是了。
对陈长生而言最大难度还是在于系统这个东西，机械帝国的系统不知道是智能程序优化了多久才搞出来的，陈长生想要凭借一己之力完成一天同样强大生物计算机的系统无异于痴人说梦。
不过好在也不是没有择中的办法，陈长生最终是拼组出来一个半机械半生物的新型虫巢，这将是充当服务器，模拟运行系统的最好载体。
生物计算机性能想到优越，运行机械帝国的系统起来也很顺利，毕竟无论是菌主储存器，还是生物计算机都是参照现实中的二进制计算机进行生产制作的，两者总是有着不少的相似之处，因此一次实验成功也就不是不能理解。
这次成功是伟大的，相当于陈长生直接是拥有了自己独自一人构建虚拟世界的能力了，还是拥有自己能够完全掌控硬件的那种虚拟世界，在虫巢之中陈长生也有了直接从物理层面掐断网络的能力了。
通过虫巢的无线网器官，陈长生直接是将自己的虫巢计算机并入到了机械帝国的网络之中。