《暂停令》的颁布，并未如预期般彻底平息联邦内部的纷争，反而像是一块投入看似平静湖面的巨石，在短暂的涟漪后，露出了湖底早已存在的、更加深邃的沟壑。表面的冲突（是否注射）被强行压制，但根源性的理念分歧，却在失去共同标靶后，以前所未有的清晰和尖锐姿态，在联邦最高议会的舞台上彻底爆发。
议会大厅，不再是商讨具体事务的场所，而是演变成了两大阵营短兵相接的意识形态战场。
一方，以林薇及其领导的技术委员会为核心，吸纳了部分坚信技术是唯一出路、认为“暂停”只是暂时挫折的军官和行政官员，形成了“进化派”（内部有时自嘲或被他称为“优化派”）。
林薇从最初的打击中逐渐恢复，或者说，是将挫败感转化为了更执拗的信念。她不再为“萌芽”的具体失败辩护，而是将论点提升到了更高的维度。
“我们面对的，是宇宙尺度的生存筛选！”在一次激烈的辩论中，林薇站在全息星图前，指着那代表“星坠异形”的恐怖阴影和拜耳的庞大势力，“旧时代的人类形态和进化速度，根本无法应对这种层级的威胁！《暂停令》是必要的风险控制，但这绝不意味着我们应该放弃技术进化这条路！”
她的眼神重新燃起科学家特有的、近乎无情的理性火焰：“‘萌芽’的失败，在于我们对其底层逻辑——星尘因子与意识交互的复杂性——认知不足！我们需要的是更深入的研究，更精准的模型，是优化，是迭代！而不是因噎废食，退回到依靠血肉之躯去对抗钢铁与能量的原始时代！”
她提出了一系列新的研究方向：基于陈风发现的“共鸣强度”理论，开发个体化的、风险可控的强化方案；深入研究苏小小与菌丝网络的共生模式，寻找非侵入性的环境适应途径；甚至开始重新审视被封印的“神选1.0”部分数据，试图从中剥离出可借鉴的技术逻辑。
“进化派”的主张，吸引着那些对科技抱有坚定信仰、对未来充满危机感、并相信“人定胜天”（或者说“技定胜天”）的成员。他们认为，恐惧和伦理不能成为文明进步的枷锁，在灭绝危机面前，必须敢于拥抱一切可能的力量，包括改造自身。
另一方，则以陈风、凯莉为核心，联合了老郭代表的注重实际经验与人性温情的铁骨营势力、大部分对强制技术干预深感警惕的无药者、以及许多在“播种”计划中受害或目睹亲人变化的议员，形成了“保全派”（也被对手暗指为“保守派”或“原始派”）。
陈风站在了与林薇截然不同的立场上。他身后仿佛站着雷公、“铁砧”、骨刺，以及无数在技术风险中挣扎的普通民众。
“技术应该是工具，是延伸，而不是主宰和替代！”陈风的声音沉稳，却带着千钧之力，“我们追求力量，是为了守护每一个独特的、有血有肉的‘人’，而不是为了创造一个高效却冰冷的、失去情感与回忆的‘新物种’！林薇博士，你所说的‘优化’，边界在哪里？当我们将记忆、情感、甚至人性都纳入‘优化’范畴时，我们究竟是在进化，还是在自我毁灭？”
他指向窗外，指向那片生活着无数联邦公民的区域：“我们的力量，不应该只来自于实验室的试管和基因序列！它更应该来自于废墟中重建家园的坚韧，来自于同伴之间不离不弃的信任，来自于对脚下这片土地和彼此之间最朴素的情感联结！这些，才是我们区别于拜耳、区别于那些吞噬一切之物的根本！”
凯莉则以她自身的经历，为陈风的观点提供了最悲怆的注脚：“我比任何人都渴望力量，渴望向拜耳复仇。但我更清楚，失去‘自我’的力量，毫无意义，那只是另一种形式的死亡。联邦的根基，在于我们选择了一条与拜耳不同的路——一条尊重生命、尊重个体的路。如果我们现在为了对抗敌人，而走上了与他们本质相同的技术霸权道路，那我们的抵抗，还有什么价值？”
“保全派”强调，应优先发展外部科技（武器、防御工事、环境改造），挖掘人类自身在极限环境下的潜能（如铁骨营的生存智慧、无药者对变异生物的驯化知识），并通过社会凝聚力和坚定的信念来提升整体战斗力。他们呼吁，将资源更多地投入到民生保障、心理重建和寻找与自然（星尘环境）和谐共存的非侵入性方式上。
老郭的话更是一针见血：“打铁还需自身硬。光想着给自己动刀子变强，不如想想怎么把刀磨得更利，把甲铸得更厚！大家心齐了，比什么灵丹妙药都管用！”
议会由此陷入了僵局。任何重大决策——从资源分配、科研方向到军事战略——都不可避免地被打上派系烙印，陷入无休止的争论。“进化派”指责“保全派”固步自封，将联邦拖入慢性死亡；“保全派”则抨击“进化派”急功近利，正在背叛立国根基。
这种高层公开的分裂，无法掩盖地向下蔓延。支持不同路线的官员在行政体系中互相掣肘，基层士兵和民众也根据自身经历和观念，开始选边站队。联邦表面上维持着运转，但内部已然出现了清晰的裂痕。
而这裂痕，正是潜伏在阴影中的敌人，最为期待的完美舞台。