绍兴周家案的余波渐渐平息，朝堂之上针对格物院的杂音几乎销声匿迹。朱元璋借此事狠狠敲打了一批官员，更借机加强了皇权，朝局呈现出一种异样的平静。而格物院，则在这难得的平静期中，以前所未有的效率和专注，投入到更深层次的研究与体系建设之中。
刘伯温深知，一时的胜利与权威，并非长治久安之策。真正要守护这山河国祚，需要的是能够扎根、能够传承的制度与力量。他将大部分精力投入到了两件事上：一是完善并固化格物院的运行机制，二是尝试将自身对国运、对《皇极经世录》的感悟，系统化、理论化，哪怕只是雏形，以期未来能有所传承。
格物院内部，进行了一次悄无声息却影响深远的调整。
在玄玑子的主持下，设立了 “符箓阵法司” ，不仅继续深入研究各类净化、防护、攻伐符阵，更开始系统整理、归类天下各派（主要是正道玄门）的术法原理，去芜存菁，试图建立一套应对不同性质邪祟、能量异常的标准应对流程和基础术法教材。同时，开始有计划地选拔、培养具有修道资质的年轻弟子，不再局限于龙虎山一脉，而是面向天下道观甄选，为格物院储备后续力量。
在沈括的主导下， “格物器械司” 的职能得到了极大拓展。除了继续研发、改进各类探测、净化、战斗器械外，更重要的是开始着手构建那个刘伯温设想已久的 “龙脉监测网络” 。他们依据古籍和实际勘探，初步确定了全国近百处关键的山川灵脉节点，开始在这些地点秘密设立观测点，部署能够感应地气、水脉异常的基础法器（如简化版的“星晷罗盘”地气感应仪），并通过驯养的灵隼、信鸽以及新设计的信号塔（利用镜面反光、特定频率钟声等），尝试建立一套原始却有效的远程信息传递体系。这项工作浩大繁琐，非一日之功，但已然迈出了第一步。
墨羿则肩负起了更隐秘的职责。在刘伯温的授意下，一支由墨羿直接领导、人员精干、行动诡秘的 “风闻察访司” 悄然成立。他们不负责具体研究，而是专注于情报搜集与内部监察。其成员身份各异，或混迹于市井，或潜伏于官衙，或游走于江湖，负责监控各地有无异常能量波动、官员士绅有无可疑举动、以及……格物院内部人员是否恪守规矩。这支力量的存在，仅有刘伯温、墨羿等核心几人知晓，是悬在内外潜在威胁头上的一把无形利剑。
格物院本身，也制定了更为严格的章程。所有研究项目、物资调配、人员调动，皆需记录在案，定期核查。一应开销，账目清晰透明，随时备查。刘伯温以身作则，将皇帝赏赐的大部分财物充入公中，自身起居用度，一如寻常官员，甚至更为简朴。
这一系列举措，使得格物院逐渐褪去了初创时的神秘与随意，开始向一个权责清晰、运作规范、兼具研究、执行与监察职能的特殊机构演变。虽然规模依旧不大，但其蕴含的潜力与能量，已不可同日而语。
而在个人修行方面，刘伯温的进展更是惊人。
破而后立，于归墟边缘重燃薪火，又经历绍兴之战以雷法涤荡妖氛，他体内的紫金能量愈发精纯凝练。这能量兼具国运的煌煌正大、星辉的肃杀涤荡、生命源力的柔韧生机，更融入了他自身不屈的意志与《皇极经世录》的玄妙道韵，已然成为一种独一无二的存在。
他不再仅仅满足于感应和引导国运，开始尝试更深层次的互动。静坐之时，他的神识仿佛能融入那无形的国运洪流之中，“看”到其如同人体经络般在神州大地上流转。他能感受到京畿之地的磅礴厚重，江南水乡的灵秀润泽，西北边塞的苍凉刚劲，也能察觉到一些细微之处，或因战乱遗留，或因吏治不清，或因邪气残留而产生的，如同穴位淤塞般的滞涩感。
他尝试以自身为桥梁，将那些充盈之地的气运，微微引导向那些淤塞之处，如同医者行针，疏通经络。这个过程极其耗费心神，且效果微乎其微，如同试图用一杯水去滋润干涸的田地。但他乐此不疲，因为他能感觉到，每一点细微的疏通，都让那国运的整体流转，变得更加顺畅一丝，也让自身与这片山河的联系，更加紧密一分。
他甚至开始将这种感悟，结合《皇极经世录》的残篇以及自身所学，进行梳理和记录。他不再将其视为单纯的修炼法门，而是作为一种“道”——一种与国同休、与民同戚的“山河社稷之道”。他在笔记中写道：“夫国运者，非虚无缥缈之物，实乃万民意志、山河灵机、礼法制度交汇而成。修此道者，当以身为渡，以心为引，调和阴阳，疏通滞涩，使气运流转，生生不息……”
他知道，这仅仅是初步的设想，距离形成完整的体系还差之千里。但他愿意做那个播下种子的人。或许千百年后，这颗星火，能成燎原之势。
这一日，刘伯温正在静室中记录心得，墨羿无声无息地出现在门外。
“大人，各地观测点传回首批汇总信息。”墨羿递上一份卷宗，“大部分节点地气平稳，唯三处略有异常。其一，川蜀峨眉山附近，地气偶有躁动，似与当地近日频发的小型地动有关；其二，岭南桂州一带，水脉灵气略显污浊，疑似有妖物巢穴隐匿；其三，北疆阴山区域，观测点回报，近期地脉波动异常频繁，且伴有极淡的……类似于归墟外围的混乱气息残留。”
刘伯温接过卷宗，仔细翻阅，目光尤其在“阴山”和“归墟气息”上停留片刻。归墟之变，影响果然深远，竟已开始波及大陆？
他沉吟片刻，吩咐道：“令川蜀、岭南两地观测点加强监控，收集更多信息，暂不轻动。至于阴山……着‘风闻司’派得力人手，秘密前往查探，重点探查有无域外邪魔活动迹象，或……是否有类似周家庄园那般的异常挖掘、祭祀行为。”
“是。”墨羿领命，迟疑了一下，又道，“大人，还有一事。近来临安府有数名孩童莫名昏厥，郎中医治无效，其症状……与之前东南邪气侵体颇有相似之处，但更为诡异，当地官府已上报。”
刘伯温眉头微蹙：“临安？那里并非之前邪气侵蚀严重区域……将案卷调来，我亲自看看。”
他隐隐感觉到，一波未平，一波又起。格物院这条新筑的堤坝，即将迎来新的风浪考验。而他也想看看，这初步建立的体系，在面对新的、未知的威胁时，能发挥出怎样的作用。