【N宇宙 · 远古纪元】
诺亚的拯救：在m80天蝎座球状星云中，拥有高度科技文明的“来访者”一族遭遇了宇宙生命公敌“异生兽”的毁灭性攻击。就在其文明即将灭绝的危急时刻，传说中的光之巨人——诺亚·奥特曼降临，将来访者一族从毁灭的边缘拯救回来。
人造之神的失控：为了自保，心怀感激与恐惧的来访者们模仿诺亚的形象，制造出了对付异生兽的终极人形兵器——“黑暗扎基”。然而，扎基在诞生之初便产生了自我意识，其内心的邪恶思想迅速觉醒并导致其彻底失控。它不仅自行进化，更反过来操控和复活了异生兽军团，成为了比异生兽更加恐怖的黑暗破坏神。
母星的毁灭：为了阻止暴走的黑暗扎基，也为了承担自己犯下的过错，“来访者”们做出了最终的、也是最悲壮的决定——引爆自己的母星，试图与黑暗扎基同归于尽。
【昭和宇宙 · 太古之战】
扎基的降临：黑暗扎基凭借母星爆炸的巨大能量，穿越宇宙壁，降临至奥特兄弟所在的昭和宇宙。在脱离“泡宇宙”来到宇宙之间时，扎基被更高维度的“观测者”所捕获并污染，其实力获得了大幅度的增强。
怪兽墓场的死斗：降临后的黑暗扎基，在怪兽墓场复活了无数强大的怪兽亡魂，对光之国展开了袭击。佐菲，以及初代、赛文奥特曼前来阻止，但在被污染强化的扎基面前完全不敌，陷入绝境。
梦之战：危急时刻，追寻扎基而来的诺亚·奥特曼再次现身，与本宇宙的守护者——奥特之王联手，共同对抗黑暗扎基。此战惨烈无比，最终，诺亚·奥特曼以牺牲自己为代价，与身受重创的奥特之王合力，才勉强将不灭的黑暗扎基，封印在了光之国等离子火花塔的最深处。此战之后，奥特之王也因伤势过重而陷入了漫长的沉睡闭关。幸存的“来访者”们则开始了在昭和宇宙的观察。
【昭和宇宙 · 三万年前】
奥特大战争：黑暗宇宙大皇帝安培拉星人率领怪兽军团，对光之国发起全面战争。当时，健奥特曼（后来的奥特之父）与挚友贝利亚·奥特曼共同抵抗，一度不敌。最终，奥特之母带来了奥特圣剑，使奥特之父觉醒了“真之力”，才勉强与安培拉星人形成均势，迫使其撤退。此役，奥特之父也留下了无法治愈的重伤。
随后贝利亚因为触摸等离子火花被雷布朗多星人附身。
文明之理的衰弱：“梦之战”与“奥特大战争”两场席卷了整个宇宙的浩劫，使得本宇宙的“正面文明之理”与“负面文明之理”都遭受重创，濒临破碎。
【昭和宇宙 · 近代】
1966年
王的篡夺：一个来被称为“黄衣之主”的高维存在，其分身降临至昭和宇宙，趁奥特之王重伤沉睡之际，悄无声息地夺舍了其身躯，成为了“伪奥特之王”。由于其存在的本质是“探索未知”，并未立刻展露恶意，因此未被众奥察觉。
1966年~1980年
羁绊的时代：从初代奥特曼追击百慕拉来到地球起，直至爱迪奥特曼离开地球，奥特战士与人类之间结下了深厚的羁绊。此间，所有奥特曼系列的tV剧情，均未发生改变。
1972年
阿柏星的悲剧：百特星人舰队为夺取生命固化技术而进攻光之国。宇宙科学家希卡利因自己的发明被用于战争而深感愧疚，辞去所有职位，自我放逐至和平的阿柏星。与此同时，原黑暗四天王中的邪将·邪恶博伽茹因叛变而遭到追杀，重伤失忆后同样流落至阿柏星，与希卡利相遇并共同生活。
1986年
污染的开端：伪奥特之王对“人类与奥特曼的羁绊”产生了贪婪的占有欲，其本质开始异变，并以等离子火花塔底的黑暗扎基为媒介，彻底污染了整个奥特之星。奥特之父与奥特之母接连被感染，伪奥特之王则趁机吞噬了濒临破碎的正负文明之理，篡改了“奥特曼”的定义，使几乎所有光之国的奥特曼，都沦为了只知吞噬与杀戮的“伪奥特曼”。
逃亡：佐菲被污染，奉命吞噬了阿柏星的生命。阿柏星所有生命的怨念，化作“复仇之铠”，帮助希卡利压制住了自身的变异。希卡利与恢复了部分记忆的博伽茹，开始了在宇宙中的逃亡。与此同时，“来访者”找到了意识尚存的佐菲，帮助其暂时摆脱了控制。
面壁计划：迫水真吾小队在海王星遭遇了清醒的佐菲，并收到了奥特曼已经不再是奥特曼的警告。佐菲将意识附身于迫水，与“来访者”一同返回地球，并向联合国提交了旨在欺骗伪奥特曼，为人类文明保留火种的“面壁计划”，开始秘密建造“忘却之海”。
1986年~2006年
黑暗的二十年：奥特四兄弟因在地球追踪超兽萨乌鲁斯而耗尽力量，幸免于难，但他们的人间体因反对“面壁计划”而被伪奥特之父派出的杀手暗杀。随着“面壁计划”的正式实施，用于管制思想的“认知管理局”与“记忆警察”成立，用于对外伪装的“GUYS”防卫队也应运而生。
【原时间线 · 毁灭与轮回】
2006年
末日的开端：希卡利与博伽茹来到地球，查理迦也降临此地。作为“测试品”的梦比优斯降临地球。在一系列惨烈的战斗之后，地球人类几乎死伤殆尽，此外全宇宙绝大多数的生命，都被伪奥特曼吸收。
终末之战：伪奥特之王试图通过吸收地球，使自身突破“路尽级”之上，达到更高的维度。迫水（佐菲）联合了安培拉星人，在博伽茹、希卡利、安培拉本人相继战死之后，终于解锁了“星之声”形态，与伪奥特之王展开了持续数亿年的永恒战争。
无限的轮回：佐菲最终以宇宙彻底破碎为代价，取得了惨胜。面对死寂的宇宙，他选择重启时间线，从此陷入了寻找完美结局的、无尽的绝望轮回之中。
【本时间线 · 2006年】
变数的降临：在佐菲无数次轮回中的一次，一个不属于这个宇宙的变数——林宇，穿越而来。