自那次勉强临朝却尽显疲态之后，皇帝扶苏的身体状况时好时坏，始终未能恢复到可以正常处理繁重政务的水平。多数时候，他只能在甘泉宫静养，批阅奏章的时间被严格限制，且多是象征性地阅看，难以进行深入的思考和决策。在这种情况下，他对丞相李斯的倚重，达到了前所未有的程度，可谓愈发加深。
这种倚重体现在政务处理的方方面面：
首先，是奏章的处置流程。以往，重要奏章需由丞相府先行提出初步处理意见（“拟票”），然后呈送皇帝最终裁决（“批红”）。如今，扶苏精力不济，往往只看丞相府拟定的处理意见，若觉得无甚不妥，便直接认可，甚至有些不太紧急的奏章，他只看个标题，便吩咐宦官“依丞相所议”。这使得李斯的“拟票”权，在很大程度上变成了实际上的决策权。大量的日常政务，从官吏任免、财政调度到工程审批、律法执行，其最终决定权，都愈发向丞相府倾斜。
其次，是重大决策的咨询。即便是一些关乎国计民生的重大决策，如是否调整某项赋税、如何应对边境异动、大型工程的立项等，扶苏在做出决定前，也几乎必然要召见李斯（或通过内侍传话询问），详细听取他的分析和建议。李斯的意见，往往具有决定性的影响力。扶苏对李斯的信任，已经超越了一般君臣的范畴，带着一种近乎于学生对师长、子侄对尊长的依赖。他深知李斯的能力、忠诚以及对帝国局势的把握，在自己无力亲为之时，将权柄交给李斯，是他认为最稳妥的选择。
再者，是对太子教育的嘱托。扶苏对自己身体的状况有着清醒而悲观的认识，他更加急切地希望太子能够尽快成长起来。除了为太子安排儒法兼修的师傅外，他多次在病榻前，当着太子的面，对李斯说：“太子年幼，不识治国之艰险，朕若…若有不便，还望丞相多多辅弼，如教导朕一般，教导于他。”这番话，几乎是将太子和国家的未来，明确地托付给了李斯，其倚重之情，溢于言表。
此外，甚至在皇室内部事务上，扶苏有时也会征求李斯的看法。例如，为皇子择师、公主的婚嫁意向等，他都会觉得“丞相见识深远，虑事周全”，想听听他的意见。
面对皇帝愈发的倚重，李斯的心情极为复杂。一方面，他感激于扶苏毫无保留的信任，这让他能够最大限度地施展自己的政治抱负，推行他认为对帝国有利的政策，如继续休养生息、稳步开发岭南、规范与西域的贸易等。手中的权力前所未有地集中和巩固，许多过去可能需要反复博弈才能推动的事情，现在往往能较为顺畅地施行。
但另一方面，这种极致的倚重也带来了巨大的压力和风险。他深知自己已是位极人臣，权力甚至隐隐凌驾于虚弱的皇权之上，这本身就是极为危险的境地。朝中并非没有异样的目光和暗中的非议，只是慑于他的威望和皇帝的绝对信任，暂时未曾表面化而已。他必须更加谨言慎行，事事力求公允，避免给人留下专权跋扈、架空皇帝的印象。
每一次代替皇帝做出决策，李斯都如履薄冰。他既要考虑政策的实际效果，又要揣摩扶苏可能的态度，还要平衡朝中各方势力的反应。他大量引用律法、经典和以往成例来为自己的决策提供依据，使其显得并非出自个人意志，而是基于制度和共识。同时，他坚持所有重大决策，哪怕扶苏只是形式上看一眼，也必须呈报，绝不自专。他定期、主动地向扶苏详细汇报政务处理情况，即使扶苏可能听不进去多少，他也坚持这么做，以维持君臣之间沟通的渠道和形式。
皇帝愈发倚重丞相李斯，这既是李斯个人权势的顶峰，也是他政治生涯中最为孤独和危险的时刻。他就像一位技艺高超的走索者，在万丈深渊之上，小心翼翼地平衡着手中的权柄与内心的谨慎，推动着帝国巨轮在船长病重的情况下，继续沿着他认定的航道前行。他所能依靠的，唯有自己的智慧、经验，以及对那个病弱皇帝和这个他亲手参与塑造的帝国的忠诚与责任。