二月初三日，曾国藩核定江宁七府州及扬州、仪征等地盐务章程。
初九日，席宝田率军收复金溪县城。
十二日，曾国藩紧急上奏：金陵官军已攻克太平军盘踞的钟山要塞（伪称“天保城”），至此完成对金陵城的合围。目前城内敌军外援断绝，存粮有限，但我军围城兵力不足五万，需分散防守九十余里战线。而城中尚有数十万敌军，极可能因困兽犹斗而拼死突围，形势仍存隐忧。
随奏附片说明：浙江境内的太平军残部为求生存，正全力向江西流窜，毫无退意，恐将深入江西腹地，威胁抚州、建昌两府。溧阳的太平军老巢刚被江苏官军攻破，余部已退至湖州集结。目前湖州敌军数量庞大，若进犯江西将畅通无阻，而当地防务空虚，形势堪忧。
另附片奏称：臣所辖各部虽不断扩军，但缺乏将才，现有将领多属谨守本分之辈，难当独当一面之任。都兴阿旧部请朝廷另派重臣接管，其麾下水师红单船等部队则由臣暂管，将酌情裁撤以节省军费。
十五日，乔松年前来安庆拜见曾国藩，正式接任巡抚印信，随即率军驻防临淮。
太平军撤出广德州城，全部退入湖州。鲍超率部进军攻打句容。
江西境内的太平军流窜侵扰抚州、建昌等地。十八日，席宝田在建昌城外击败敌军。
十九日，李世忠派遣部将王廷瑞、陈自明到安庆请示，表示愿意交出所占城池，并在三个月内完成部队遣散。曾国藩予以嘉勉后送返二人。
二十七日，曾国藩上奏折陈述江苏、安徽等省绿营兵员情况：经战乱后原有兵额几乎散亡殆尽，已溃散的士兵不准重新归队，体弱兵员立即裁撤，军官职位空缺暂缓补任，待战事完全平定后再恢复旧制，以确保兵员精干、军饷不虚耗。
另奏折称湖北防务吃紧，请求朝廷命令提督江长贵速赴本任履职。
随奏附片说明：金陵城内的太平军为节省粮食，已放出老弱妇女万余人。湖州聚集的太平军残部企图进犯江西寻求生路，而江西抚州、建昌一带的敌军数量众多。请朝廷下令福建、广东、湖南、湖北等地加强防范，避免敌军流窜演变为流寇，增加清剿难度。
另奏：原江忠义所部军队，现交由江忠朝统率。
另附片奏报：已遵旨提审江西知县石昌猷一案，并派刑部郎中孙尚绂参与会审。
又附片举荐道员忠廉暂代两淮盐运使一职，认为其足以胜任。
另附片奏明：李世忠请求限期遣散滁州等地兵勇，仅保留千余人交由总兵陈自明统领。
此外，与沈葆桢联名上奏：经查实后参劾江西厘金委员万永熙，建议革除其职务。
本月，李鸿章分兵攻克溧阳县城，又收复浙江嘉兴府城。程学启在作战中负伤，不久在苏州去世。程公早年曾陷于贼营，投诚后经曾国藩之弟曾国荃提拔立功，在收复苏州的战役中战功卓着。
左宗棠率军攻克杭州省城，余杭县城的残敌退入湖州据守。
都兴阿率领骑兵部队北上。富明阿暂代江宁将军职务，接管扬州防务，并派兵渡江，与冯子材部会合进攻丹阳。
三月初五，鲍超率军攻破太平军的三分关卡。初七，攻克句容县城。初九，攻占宝堰一带的五座敌军堡垒。
周宽世军中营官杨复成因克扣军饷被查实，曾国藩亲自审讯后将其在军前处斩。
江西的太平军势力日益壮大，沈葆桢上奏请求截留江西的厘金税收，专门用于本省军饷开支，户部商议后批准。曾国藩接到户部公文后，对此深感忧虑。
十二日，曾国藩紧急上奏折称：江西的牙税和厘金仍应归其管辖征收，以确保攻克金陵的战事顺利完成。随奏附片报告军情：金陵城内的太平军负隅顽抗，句容收复后，敌军外援几乎断绝；江西的太平军正侵扰南丰、新城、广昌等地。另上奏折了结水师在长江巡逻时误伤人命一案，并呈上第十八批忠义人士的采访记录。
十三日，浙江的太平军继续流窜至徽州，唐义训、毛有铭率军阻击，但遭遇小挫。十四日，太平军进攻徽州城，被官军击退。
十五日，接到皇帝谕旨：“协办大学士、两江总督曾国藩统领军队剿灭贼寇，节制东南数省军务，尽心筹划，使地方叛乱依次平定，举荐贤能，依靠众人之力，着令吏部从优议定嘉奖。钦此。”当年，在地方督抚中受到朝廷优叙嘉奖的共有五人，分别是官文、骆秉章、左宗棠、李鸿章。
十七日，唐义训、毛有铭两军在杨村与太平军交战，官军大败。太平军势力日益强盛，大股部队流窜至婺源，进入江西境内。曾国藩调派朱品隆率军紧急增援徽州，命令鲍超率部返回东坝，并调周宽世、金国琛两军渡江进驻饶州一带。
二十日，鲍超率军收复金坛县城。
曾国藩上奏江西牙厘税收的奏疏后，言辞激烈，沈葆桢也随即上奏请求辞官，但被朝廷下诏慰留。户部最终议定将江西牙厘税收的一半拨给金陵、皖南大营，另一半留作本省军饷。当时金陵尚未攻克，江西流窜的太平军又声势复盛，曾国藩统领的军队众多，军饷需求巨大。他既担心军饷匮乏导致战事崩溃，又因手握兵权、掌管财权而遭人忌惮，于是萌生了功成身退的念头。
二十五日，曾国藩紧急上奏折报告：鲍超部攻克句容县，生擒两名太平军首领，摧毁五座敌军营垒。随折保举总兵冯标、谭胜达、唐仁廉等二十名将领，并为阵亡的知府田芬、参将阳茂泰等六名官员请恤。另附片奏报：徽州官军战败后，太平军势力蔓延，前锋已窜入江西境内，后续部队仍在不断涌来。
金陵围城战事交由曾国荃全权负责，若城池侥幸攻克，将由曾国荃、彭玉麟、杨岳斌三人联名速报战况概要，以慰圣心。陕西汉中地区的发匪、捻匪流窜至湖北、河南境内，企图解金陵之围。长江上下游均需加强防御部署。另附片奏报：臣近日患呕吐眩晕之症，请准假一月在军营调养。又附片奏请：降职调任的布政使唐训方准假回乡祭扫祖墓。再附片奏请：浙江盐运使李榕暂缓赴任，留营继续剿匪。另专折奏报：已将杨复成依法处决。
二十七日，曾国藩专折上奏，叩谢朝廷给予京察优叙的恩典。当日接到军机处寄来的谕旨：“总理衙门奏请将原定拨付轮船经费的五十余万两白银改解京师，现决定先行拨付金陵军营，用于发放军饷。”
二十八日，曾国藩审核确定了淮北票盐管理章程。
本月，左宗棠率军攻克武康、德清、石门三座县城。江西官军收复新城县，太平军残部逃入福建境内。
陕西太平军联合捻军进犯湖北，成大吉在樊城阻击敌军并获胜。败退的太平军流窜至河南境内。西安将军、忠勇公多隆阿在盩厔军营去世。
四月初三日，曾国藩设立书局，制定刊印书籍章程。江南、浙江自宋代以来就是文化昌盛之地，士绅家中多有藏书，刻版印刷十分精良，但经历战乱后，书籍损毁殆尽。曾国藩招募刻工，在安庆设立书局，陆续刊印经史典籍，聘请饱学之士汪士铎、莫友芝、刘毓松、张文虎等人分别负责校勘工作。初九日，彭玉麟到安庆拜见曾国藩，随后前往九江布防。
十二日，曾国藩紧急上奏：徽州防军作战失利，未能阻止太平军西窜，请求朝廷对自己严加处分；唐义训、毛有铭分别予以革职降级处分；为阵亡将领金茂荣、李祖祥等十三人请求抚恤。另专折奏报鲍超部收复金坛县，随折保举游击张遇春一人，并为阵亡将领鲍昌龄、宋连升、王正礼请求抚恤。
另有一折奏报江北地区已全部肃清，提督李世忠遣散所部兵勇，并陆续交出全椒、天长、来安、滁州、六合五座城池。李世忠呈请辞去官职，回乡安葬亲人，恳请朝廷恩准其解职归乡，以保全其声誉。所空缺的江南提督一职，恳请朝廷尽快选派合适人选接任，以重视军务要职。
另附片奏报：接到户部来文，称湖北、湖南、四川、江西、广东、江苏每月应协济臣营的军饷数额巨大。经核查，湖南省除东征局半厘外，并无奏定协饷款项。去年夏季虽曾奏请拨用江西洋税，但随即退还；广东厘金一事，是臣最为愧疚之处，然而本年该省仅解送过九万两饷银。
江苏厘金本属臣职责范围内应筹措的饷银，但本年该省仅解送过三万两。至于四川、湖北两省，则根本没有向臣营协解饷银的记录。户部所称六省供饷之事，不知依据何处奏报咨文，竟怀疑臣广揽财权、收支巨额款项。
臣才识平庸，却谬承重任，如今局势庞大，事务繁杂。论兵力，我军已成强弩之末；论粮饷，长久以来如同无米之炊。万一战事失利，臣如何担得起这般重责？恳请皇上降旨，将皖北军饷筹措之责交由乔松年、吴棠、富明阿共同承担；至于萧庆衍、毛有铭等部原由湖北供应的军饷，请饬令官文、严树森全力支应。若能使臣稍减筹措军饷之忧，实乃莫大幸事！
另附片奏报军情：围攻金陵的部队挖掘地道攻城，官兵伤亡近三千人，目前只能严密封锁、猛力进攻，以切断敌军补给；江西境内新窜入的太平军，可能再度侵扰内地；而捻军主力已突破随州、枣阳一带，意图借道安徽、湖北，东进增援金陵。
彭玉麟现已赶赴长江上游，负责江面防务，但皖北兵力薄弱，防务空虚令人担忧。另附片奏报江西南康知县石昌猷供词含糊不清，请革除其职务以便严加审讯。
十四日，丹阳的太平军向上游流窜，鲍超率军截击，大败敌军。常州的太平军窜入徽州境内，唐义训、毛有铭、金国琛率军截击并将其击溃，残余匪军逃往江西。
十九日，接到圣旨：“曾国藩奏报徽州军失利，自请严加议处一事，特加恩宽免。钦此。”又奉圣旨：“江南提督一职，由李朝斌补授。江南水师提督一职，由黄翼升补授；江南淮扬镇总兵员缺，由阳利见补授。钦此。”
二十七日，紧急上奏报告鲍超截击丹阳敌军取得大胜。另奏报苏州敌军继续流窜至徽州，官军进剿获胜，擒获斩杀及招降人数超过大半。附片奏称：苏浙一带敌军从徽州向上游流窜的，大致分为六股：第一股目前盘踞在江西南丰，并分兵窜入福建汀州境内；第二股侵扰铅山、湖坊等地；第三股曾进攻抚州，后撤退占据许湾；第四股被徽州守军击败，进入江西境内的残部人数不多；而广德、湖州两地敌军首领仍有两股，企图进犯徽州并窜入江西。当前军情以江西最为紧要。另上奏请求推迟江南地区本年乡试。
另附片奏报：臣上月曾请假休养，现假期已满，但病情尚未痊愈。只是湖北敌军正向下游流窜，金陵战局紧张，江西境内敌军活动频繁，局势危急动荡，臣已勉强支撑病体，照常处理军政事务。
本月，江西赣江以东的广信、抚州、建昌、宁都等地，敌军四处侵扰，攻陷十余座城池。江西官军与浙江援军先后在玉山击败敌军，又在抚州城外、弋阳、贵溪等地取得胜利，但敌军势力仍未减弱。
张运兰所部军队原驻广东，奉圣旨调任福建按察使，随即率军进入福建境内驻防剿匪。
李鸿章率军攻克常州府城，扬州、镇江两地官军联合收复丹阳县城。至此江苏全境基本平定，仅剩金陵尚未攻克。李鸿章调派刘铭传等部进驻句容、东坝一带驻防。曾国藩随即调遣鲍超所部沿长江西进，增援江西剿匪作战。
杨岳斌奉旨统领皖南及江西军务，刘典协助办理军务。
李朝斌率领太湖水师进攻湖州城外敌军堡垒，成功攻破。
李鸿章派员押送上海饷银二十二万两抵达。曾国藩将其中十三万两拨付金陵大营，五万两拨给鲍超军营，剩余四万两留存安庆粮台。
窜入湖北的敌军人数众多，护军统领舒保（谥号贞恪）在战斗中阵亡。僧格林沁率军在随州截击敌军，取得胜利。
五月二十七日，太平天国首领洪秀全服毒自杀，李秀成拥立其子洪天贵福（福瑱）继位，继续坚守金陵，并隐瞒洪秀全死讯，连城中太平军士兵都不知晓。
五月初六日，曾国藩专程上奏折叩谢皇恩，感激朝廷宽免对他的严厉处分。
鲍超率军从芜湖出发，北上增援江西战场。
杨岳斌统领水陆两军共万人驰援江西。初十日，杨岳斌到安庆拜见曾国藩，随后赶赴江西督战剿匪。曾国藩派提督黄翼升接管水军，加强对金陵的围攻。
十二日，曾国藩紧急上奏：浙江提督鲍超请求请假四个月，返回四川原籍安葬亲人。其所率部队将交由杨岳斌统一指挥，必能调度得当。恳请皇上体恤鲍超多年苦战立功，准其回乡尽孝，以彰显朝廷以孝治天下的仁德。
另附片奏报军情：湖州、广德仍被敌军占据；江西省城戒严，已调派水陆各军入城防守；湖北的太平军和捻军南下流窜，逼近安徽，已调李榕等部渡江加强北岸防务。
奏疏呈上后，奉上谕：“曾国藩所奏带兵大员请假葬亲一事，已明发谕旨，命鲍超待攻克金陵、肃清江皖后再准假回乡，以成全其孝心。钦此。”
十四日，曾国藩接到朝廷谕旨，命李鸿章率军会攻金陵。他当日即发公文催促李鸿章迅速行动。
十七日，鲍超率军抵达九江，随后赶赴南昌，与沈葆桢商议防剿事宜。鲍超所部军队由瑞州方向进剿敌军。
二十二日，曾国藩紧急上奏称：苏州、常州收复后，本拟行文请李鸿章亲赴金陵会剿。此前接到李鸿章来函，称将士过于疲劳，应稍作休整，待攻克湖州后再分兵协助进攻金陵。不明内情者，或许会认为臣弟曾国荃贪图独揽战功，不愿与他人分享，但这绝非臣兄弟报效国家的本意！如今欣闻朝廷降旨，臣已恭敬抄录谕旨，并加急行文催促李鸿章。臣本欲亲赴金陵督战，但因安徽防务紧要，暂时不能离开，恳请皇上降旨催促李鸿章速赴金陵，实为至幸！
二十七日，曾国藩紧急上奏：再次接到谕旨，火速催促李鸿章会剿金陵。此前拨付的轮船经费银两，已解送二三十万两分发各军，转瞬用尽。不敢抱怨筹饷太少，却深悔招募兵勇过多，惴惴不安唯恐生变，贻误大局。既盼望李鸿章率军来援，更期待他能携带饷银相助。同时奏报：杨岳斌、鲍超均已赶赴江西，当地兵力雄厚。现改调周宽世所部前往皖北，防范湖北东窜之敌。计划令陈国瑞驻守寿州，该地处于淮南江北要冲，可作机动部队，仍须防守战略要地，严控江面，以免影响金陵战局。
另附奏片称：臣前年曾奏请增设长江水师提督一职，后经兵部议准。此次奉旨，李朝斌补授江南提督，系接替李世忠所遗空缺；黄翼升所任水师提督，当属长江新设职位。恳请敕令兵部拟定官衔字样，新铸印信颁发至江南，以明职守。
另具奏折保举鲍超所部连克东坝、句容、金坛三城有功将士，列单请奖。又奏保高淳、溧水等城水陆会攻克复战役中出力将士，列单请奖。
二十八日，曾国藩审核定案石昌猷案卷。江西道员周汝筠控告石昌猷包庇匪徒杀害良民一案，卷宗繁杂，曾国藩亲自审讯多次，委派布政使马新贻、按察使何璟、道员勒方琦及奏调郎中孙尚绂反复核查。至此最终定案结案。
三十日，曾国藩之弟曾国荃率军攻克龙膊子山阴的坚固堡垒——太平军所称“地堡城”，随即督率部队日夜围攻，毫不松懈。
本月，李鸿章率军攻克浙江长兴县城。湖北捻军流窜侵扰英山、霍山一带，杨岳斌奉旨升任陕甘总督。
六月初八日，重新审理周汝筠控告石昌猷一案。
十二日，曾国藩紧急上奏称：近日接连接到谕旨，反复指示要点，主要涉及迅速剿灭金陵之敌及处理皖北、江西两路战事。现将近期筹办情况逐条详陈：其一，李鸿章向来作战勇猛，进军神速，但此次会攻金陵却略显迟缓，并非避嫌推诿，实有谦让战功之意。其二，仍有不法之徒暗中接济敌军粮草军火，虽已严密搜查防范，但不敢保证全无疏漏，唯有严令各营加倍戒备。其三，太平军与捻军东进侵入英山境内，虽已调遣江南各军驰援皖北，但短期内难以迅速抵达。其四，安庆民心不稳，臣不便轻易离开，待皖北局势稍缓，当即亲赴金陵会商剿办事宜。共计四条。
十六日，金陵官军挖掘的地道爆破成功，炸毁城墙二十余丈。曾国藩之弟曾国荃率领将士冲入城内，围攻太平天国伪宫城。当日即通过驿站八百里加急奏报金陵收复的初步战况。当夜攻克内城，展开持续三昼夜的清剿行动。十九日，生擒太平军首领李秀成、洪仁达。此役歼灭敌军十余万人。曾国藩接到捷报后，先是喜极而泣，久久不能平静。
二十三日，曾国藩与相关官员联名以六百里加急奏报攻克金陵、全歼顽敌的详细战况。奏折中称：金陵围城部队历时两年有余，期间因疫病死亡万余人，阵亡将士八九千人，令人悲痛不已，不忍回顾！臣等侥幸执掌兵权，适逢其会，既痛惜先帝未能亲见献俘告捷之日，又哀悯百姓长期遭受战乱之苦。唯有始终谨慎勤勉，肃清残敌，以解救幸存百姓之困苦，分担圣上日夜操劳之忧。此役应抚恤、应嘉奖人员，另列清单，恳请圣恩准予施行。