“道器之辩”在皇帝“各司其职”的定调下暂时平息，但观念的坚冰并非一纸诏书便能融化。林凡深知，要让格物院真正立足，让新学赢得人心，空谈理念毫无用处，唯有拿出实实在在、无可辩驳的成果，方能堵住悠悠众口，证明其价值。他指示格物院，集中力量，在几个关键领域寻求突破，以“实证”破“虚理”。
户部多年为一事所困：各地田亩数目混乱，瞒报漏报严重，导致税赋不均，国库受损。以往清丈，耗时费力，且易受胥吏蒙蔽。格物院算学科在林凡的提示下，改进了传统的“方田法”，结合简易测绘工具（如改良的矩尺、水平仪）和标准化的计算表格，形成了一套更高效、更不易作假的“方格清丈法”。
林凡说服皇帝，在京畿一县进行试点。由格物院学员与户部官吏组成联合清丈队，采用新法。结果令人震惊：不仅耗时缩短大半，更清查出了大量被豪强隐瞒的田地，预计每年可为国库新增一笔可观的税收！
消息传出，户部上下为之震动。就连一向对新政不甚热心的户部尚书，也不得不在朝会上承认：“格物院此法，于理财大有裨益，确为实事之功。”
格物院农工科将搜集来的各地农事经验与林凡提出的一些现代农学理念（如轮作、选种的重要性）相结合，在京郊皇庄进行对比试验。他们筛选出数种长势更好、抗病性更强的稻麦品种，并总结出一套包含深耕、施肥、灌溉等环节的精细化耕作流程。
一年后，试验田的亩产比周边农田平均高出近两成！当金灿灿的稻谷堆满谷仓时，无需任何宣传，附近的农户纷纷前来打听取经。实实在在的增产，比任何空洞的说教都更具说服力。格物院农工科编写的《农事改良浅说》小册子，开始在京畿地区悄然流传。
是年夏，京城周边突发时疫（类似霍乱），患者上吐下泻，传播极快，太医院沿用旧方，效果不彰，人心惶惶。格物院医药科（由部分原“济民堂”骨干和招募的草药师组成）在林凡支持下，顶着压力介入。
他们不再仅仅依赖古籍药方，而是根据病症，着重强调隔离、清洁饮水、药物对症。他们利用初步的显微镜（林凡提示工匠磨制的水镜）在患者的排泄物中观察到大量活动的小点（细菌），虽不明其理，但更坚定了“病从口入”的判断，从而强力推行沸水消毒、石灰处理污物等措施。同时，他们根据患者不同症状（脱水程度、有无发热等），调整药方配伍和剂量。
尽管过程充满争议，甚至被一些守旧医者斥为“离经叛道”，但格物院负责的片区，疫情控制速度明显快于其他区域，死亡率也大幅降低。事实面前，质疑的声音不得不减弱。太医院中一些年轻、有求知欲的太医，开始偷偷与格物院医药科接触。
地理科在整理、核实宸亲王船队带回资料的基础上，结合兵部旧档和商人见闻，绘制出了第一版相对精确的《大晟周边形势舆图》。图上不仅清晰标注了山川河流、城镇关隘，更首次系统标示了主要邻国（如鞑靼各部、朝鲜、倭国、南洋诸邦）的大致疆域、势力范围乃至主要物产。
当这份舆图呈送御前和兵部时，引起了巨大反响。高拱看着图上清晰标示出的鞑靼各部落的游牧范围和可能的进攻路线，久久不语。以往对北疆的决策，多依赖于模糊的边报和将领的经验，如今有了相对可靠的宏观地理情报，无疑使得战略筹划更具针对性。
“此图……于兵事大有裨益。”高拱最终对林凡说了这么一句。这已是他能给出的最高程度的认可。
安儿（林怀瑾）在格物院的学习日益深入。他不再仅仅是被动接受知识，而是开始尝试运用所学去解决实际问题。他与同窗一起，用算学方法优化了格物院库房的物料管理流程；参与了对新式水车模型的效率测算。当他看到自己参与改良的农具草图被工匠制作出来，并在皇庄试验中取得良好效果时，那种发自内心的成就感，是背诵多少篇经义都无法比拟的。
他的转变，是格物院内众多学子的一个缩影。最初的迷茫和外界压力，逐渐被探索的乐趣和创造的价值所取代。他们开始真正相信，自己所走的，是一条充满希望的新路。
格物院接连拿出的务实成果，开始在朝堂上产生潜移默化的影响。一些原本中立、甚至略微偏向保守的官员，在看到清丈田亩的实效、应对时疫的成绩以及那幅精准的舆图后，态度开始松动。
“看来，这格物之学，也并非全然无用。”
“若能如此解决实务难题，于国于民，总是好的。”
此类议论开始出现。虽然远未成为主流，但至少，格物院和新政，不再被简单地视为“奇技淫巧”和“祸国殃民”的代名词。林凡所期望的“用事实说话”，正在一点点地扭转着舆论。
看着格物院初步站稳脚跟并开始产出，林凡的目光投向了更远处。他指示格物院掌院学士，开始着手两件更具长远意义的事情：
1. 编纂《格物基础》教材：将算学、简易物理、化学常识、地理概要等知识系统化、条理化，形成一套可供教学的标准教材，为未来更大范围的推广做准备。
2. 建立“技术档案库”与“专利激励”雏形：要求格物院所有研究成果，无论大小，都必须有详细的实验记录和报告存档。同时，对于有突出贡献的工匠和学员，给予物质奖励和荣誉表彰，尝试建立一套鼓励创新的激励机制。
他要将格物院，从一个单纯的研究机构，逐步打造成新知识的生产、传播和应用的体系核心。
实证破虚，格物初鸣。格物院用一桩桩、一件件看得见、摸得着的成果，艰难地在这片古老的土地上，为自己开辟出了一方生存的空间。虽然前路依然漫长，守旧势力的反扑随时可能再来，但希望的种子已经播下，并在现实的土壤中，发出了虽然微弱却充满生命力的嫩芽。林凡知道，当这棵幼苗长成参天大树之时，便是这个帝国真正蜕变的开始。