礁石洞穴内的空气仿佛凝固，外面搜索者的脚步声与海浪声交织，如同催命的鼓点。小星与小叶紧贴湿冷的岩壁，连呼吸都放到最轻。对方并未走远，似乎在附近徘徊搜查，此时贸然出去无异于自投罗网。
“不能一直躲在这里。”小星压低声音，目光锐利地扫过洞穴内部。手电筒的光柱不时掠过洞口，将他们藏身的这片狭小空间映得忽明忽暗。“他们搜索无果，可能会扩大范围，或者加强水下基地的警戒。”
“那怎么办？”小叶搂着蓝鳄，它能感受到训练家的紧张，喉咙里发出低沉的咕噜声。
小星的视线落在洞穴深处那片与海水相连的幽暗水面上。“他们从陆上来，那我们就从水下走。”他看向小叶和她的太阳珊瑚，“既然那个水下基地的入口在附近，这洞穴的水下部分，或许有通道能连接到那片礁石区，甚至……可能有不为人知的缝隙能靠近基地入口。”
这是一个极其大胆且冒险的设想。水下环境复杂，且充满未知，一旦被困或遭遇水下巡逻的宝可梦，后果不堪设想。
但眼下，似乎没有更好的选择。
“太阳珊瑚，又要拜托你了。”小叶深吸一口气，对太阳珊瑚说道，“在前面探路，寻找可能通往西北方向暗礁回廊的水下通道，注意安全和隐蔽。”
【宝可梦：太阳珊瑚】
【情绪状态：沉稳、坚定，理解任务的危险性但毫不退缩】
太阳珊瑚无声地滑入漆黑的水中，微弱的荧光再次亮起，如同引路的幽魂，缓缓向洞穴水下的深处潜去。
等待的时间仿佛被拉长。每一秒都伴随着对太阳珊瑚安危的担忧和对未知通道的猜测。小星放出了蚊香君，让它也在岸边待命，以备不时之需。
【宝可梦：蚊香君】
【情绪状态：略显紧张但努力保持镇定】
约莫十几分钟后，水面再次泛起涟漪，太阳珊瑚快速返回，传递来的情绪带着一丝急促和肯定——它发现了一条狭窄但可以通行的水下隧道，蜿蜒曲折，方向大致指向暗礁回廊！
“太好了！”小叶松了口气。
事不宜迟。小星收回猫头夜鹰，和小叶一起，在太阳珊瑚的引导下，悄无声息地潜入冰冷的海水中。蚊香君和蓝鳄紧随其后。小星和小叶依靠宝可梦的力量和自身憋气，沿着太阳珊瑚散发出的微弱荧光，在黑暗的隧道中艰难前行。
隧道果然如太阳珊瑚所描述，狭窄而曲折，有时需要侧身才能通过，岩壁上覆盖着滑腻的海藻。水压和黑暗带来巨大的心理压力，唯有前方那点微光给予他们方向。
不知过了多久，前方隐约传来不同于水流声的沉闷机械轰鸣。太阳珊瑚示意目标接近。他们小心翼翼地浮上水面，发现自己正处于一个更大的水下洞穴中，洞穴一侧是岩壁，另一侧则被巨大的、明显是人工焊接的金属栅栏封住，栅栏后面是一条向深处延伸的金属通道，轰鸣声正是从通道深处传来。栅栏下方有一个排水口，水流正缓缓流入。
这里，就是火箭队水下基地的某个外围入口或通风管道！
透过栅栏的缝隙，可以看到通道内部灯火通明，偶尔有穿着火箭队制服的人员身影匆匆走过。
“找到入口了……”小叶压低声音，难掩激动。
然而，就在他们观察之际，一阵刺耳的警报声突然在通道内部响起！红色的警示灯开始旋转闪烁！
“被发现了？！”小叶惊呼。
“不可能，我们刚到这里。”小星冷静地分析，目光落在栅栏上方一个不起眼的、正在闪烁红光的传感器上，“是水下感应器！任何物体靠近这个栅栏都会触发警报！”
来不及多想，金属通道内部立刻传来了密集的脚步声和呼喝声。
“快！封锁c区入口！”
“有入侵者！”
几名火箭队员带着宝可梦迅速冲到栅栏前，其中一人手中赫然拿着那个草帽男曾使用过的强制捕获装置！
“是你们？！竟然找到这里来了！自投罗网！”一名看似小头目的火箭队员狞笑着，“抓住他们！那只暴鲤龙和蓝鳄，都是上好的素材！”
“巨牙鲨，咬碎！”
“铁螯龙虾，螃蟹拳！”
凶猛的巨牙鲨和挥舞着巨大钳子的铁螯龙虾穿过栅栏的间隙（栅栏间隙似乎是为了方便水系宝可梦出入而设计），朝着刚刚浮出水面的小星等人扑来！
“狭小空间对我们不利！退后！”小星当机立断，和小叶迅速后退，拉开距离。
“蚊香君，催眠术干扰！”
“太阳珊瑚，镜面反射准备！”
蚊香君双手划圈，催眠波动涌向冲来的巨牙鲨和铁螯龙虾。巨牙鲨身形一滞，眼神出现瞬间迷离，但铁螯龙虾凭借意志力强行抵抗住了催眠，螃蟹拳狠狠砸向太阳珊瑚！
太阳珊瑚不闪不避，身体泛起光泽，将螃蟹拳的能量吸收、转化！
“就是现在，反射回去！”
更强的能量光束反射而回，轰在铁螯龙虾身上！效果拔群！铁螯龙虾惨叫着被击退。
但巨牙鲨已然清醒，张开血盆大口咬向蚊香君！
“蓝鳄，咬碎迎击！”小叶下令。
进化后的蓝鳄毫不畏惧，怒吼着迎上，恶系能量覆盖的利齿与巨牙鲨的獠牙狠狠撞在一起！力量上竟不落下风！
“暴鲤龙，解决那个捕获装置！”小星放出暴鲤龙。在这相对宽敞些的水下洞穴，暴鲤龙虽然无法完全舒展，但其威势依旧惊人！
暴鲤龙一出场，威吓特性发动，让火箭队和他们的宝可梦动作一滞。它根本无视了巨牙鲨和铁螯龙虾，巨大的尾巴缠绕水流（水流尾），直接扫向那名拿着捕获装置的队员！
“快挡住！”火箭队小头目惊呼。
但为时已晚！水流尾以摧枯拉朽之势击飞了试图阻挡的铁螯龙虾，然后重重抽在那名队员和他手中的装置上！
“咔嚓！”装置彻底碎裂，那名队员也惨叫着倒地。
失去了捕获装置的威胁，小星和小叶压力大减。
“暴鲤龙，龙之舞后攀瀑！蚊香君，水炮掩护！”
“蓝鳄，水流尾！太阳珊瑚，持续镜面反射！”
在小星和小叶的指挥下，四只宝可梦爆发出强大的战斗力。暴鲤龙如同怒龙出海，在有限空间内左冲右突；蚊香君的水炮精准骚扰；蓝鳄勇猛无畏，与巨牙鲨缠斗；太阳珊瑚则如同一面坚不可摧的盾牌，将袭来的特殊技能尽数奉还！
火箭队虽然人数占优，但在狭窄地形和属性、战术的多重劣势下，很快溃不成军。巨牙鲨和铁螯龙虾相继失去战斗能力，其他队员也被暴鲤龙和蓝鳄的余波震晕。
解决了入口的守卫，小星和小叶没有丝毫停留，沿着金属通道向基地内部冲去。他们必须赶在对方销毁证据或启动更危险计划之前阻止一切！
通道尽头是一扇厚重的金属门，此刻正闪烁着红灯，缓缓关闭——基地启动了紧急封锁！
“快！”小星喝道。
暴鲤龙怒吼一声，全力使出了攀瀑，赤红的身躯如同炮弹般撞向即将闭合的金属门！
轰隆——！
巨响声中，金属门被硬生生撞得扭曲、卡住，留下了一道可供人通过的缝隙！
两人迅速穿过缝隙，映入眼帘的景象让他们倒吸一口冷气。这是一个巨大的实验室，中央摆放着数个连接着复杂管线的圆柱形容器，容器内浸泡着几只形态各异但都显得痛苦不堪的宝可梦，其中赫然包括一只眼神狂暴、体型异常庞大的毒刺水母！容器上的能量读数极高，显然在进行着某种强制激发潜能的实验！这就是“暴君计划”的冰山一角！
实验室内的研究人员惊慌失措，而那个草帽男（此时已摘掉草帽，露出真容）正站在主控台前，试图启动数据销毁程序。
“住手！”小星厉声道。
“又是你们！坏我好事！”草帽男面目狰狞，猛地按下一个红色按钮，“既然来了，就和这些失败的‘作品’一起埋葬吧！启动自毁程序！”
刺耳的警报再次响起，比之前更加急促！实验室角落开始冒出火花，天花板有碎块落下。
“小叶，救人！不，救宝可梦！”小星当机立断，指挥暴鲤龙和蚊香君攻击主控台，试图中断自毁。
小叶和蓝鳄、太阳珊瑚则冲向那些容器，试图打破它们，解救被困的宝可梦。
场面一片混乱。最终，在自毁程序完成前一刻，小星的暴鲤龙以一记全力的水流尾彻底摧毁了主控台，火花四溅，自毁序列被强行中止。小叶和蓝鳄也成功打破了几个关键容器，解救了包括那只巨大毒刺水母在内的宝可梦，它们虚弱但感激地看了小叶一眼，便纷纷潜入水中逃走。
草帽男见大势已去，试图从紧急通道溜走，却被小星的蚊香君一记精准的催眠术放倒。
漩涡岛的事件，随着水下基地的被捣毁和主要成员的被捕（草帽男和部分研究人员）而暂时告一段落。君莎小姐随后赶到，接手了现场。经调查，火箭队在此进行的是名为“暴君”的宝可梦强制进化与潜能激发实验，旨在制造听命于他们的强大战争兵器，那只巨大的毒刺水母就是初步“成果”。所幸小星和小叶及时阻止，避免了更严重的后果。
经历了大赛的辉煌与暗战的凶险，小星和小叶的漩涡岛之旅画上了句号。他们将火箭队的阴谋粉碎于萌芽，但也深知这仅仅是这个庞大组织野心的冰山一角。
站在离开漩涡岛的渡轮甲板上，看着逐渐远去的岛屿和那依旧缓缓旋转的巨大漩涡，小星握紧了手中的精灵球。下一个目的地，是拥有着闪耀灯塔与钢铁道馆的——浅葱市。
海风拂面，带来新的旅程气息。然而，小星心中清楚，火箭队的阴影并未散去，“暴君计划”或许在其他地方仍在继续。而他们，在追寻凤王踪影与挑战道馆的路上，注定还将与这些黑暗势力，再次交锋。