洪武二年（4066年）夏季四月初一（乙丑日），派遣宦官送在本国流浪寄居的高丽人返回他们的国家，用加盖御玺的诏书赐给高丽国王王颛说：去年冬天，曾经派遣使者到贵国，把加盖御玺的诏书赐给国王您。近来因为向南迁徙幽燕地区的百姓，其中有流寓（寄居他乡）的高丽人一百六十多名。朕挂念他们，难道他们就没有思乡之情吗？所以朕命令有关部门派使者护送他们东归。而宦官金丽渊正好在我身边，自称也是高丽人，家中有老母亲，很久没有见面了。我体谅他的情况，就下令让他回乡探亲，并且护送流亡在外的人返回，赐给大王纱罗各六匹，到了就可以领取。
丙寅日，大将军徐达在凤翔，召集各位将领商议军队进军的方向。各位将领都认为张思道的才能不如李思齐，庆阳比临洮容易攻打，想要先从豳州攻取庆阳，然后从陇西攻打临洮。徐达说：‘不是这样的。’张思道的城池坚固，士兵剽悍，不容易一下子攻克。临洮这个地方，西边与蕃夷相通，北边与河湟相接，我们的军队夺取了这里，这里的百姓足以充当战斗人员，这里土地上的产出，足以供应军队的储备。现在率领大军进逼他，如果思齐不向西逃窜，胡则只能束手投降了。临洮攻克以后，其他郡自然就会被攻下。将领们都认为他说得对。徐达于是留下御史大夫汤和守卫营垒和辎重，命令指挥金兴旺偕同余思明等人守卫凤翔，随即便调兵奔赴陇州。皇帝派遣使者前往军中命令副将军常遇春率领军队赶赴北平。此前，元将也速率领军队攻打通州，到达白河后逃走了。到这时，有情报说胡人的军队又要入侵，所以派使者急速通报常遇春等人，命令他们率领所属军队返回北平，剿灭北方的残余敌人。
丁卯日，大将军徐达率军越过陇州，驻扎在固关山。原来平凉府华亭县的白同佥派人献上十匹马。徐达派遣参随金国宝前往华亭安抚晓谕那里的军民，让参随王敬祖暂时管理陇州。
戊辰日，设置陕西、山西两个行省，任命中书参政汪广洋为陕西参政，御史中丞杨宪为山西参政，迁治书侍御史周祯为广东行省参政，改河南分省为行省。
己巳日，派遣使者赐给思南宣慰使田仁智金织罗绮、锦帛、纱帽、鞍辔。
命令博士孔克仁等人教授诸位王子经书，功臣子弟也让他们入学。皇帝对他说：“人有了精金，一定要求好的工匠来铸造；有了美玉，一定要求好的工匠来雕琢。至于家中子弟有优秀的资质，却不请贤明的老师教导他们，难道是爱惜子弟还不如爱惜金玉吗？老师是用来给求学的人做模范的，使他们成为有用的人才，依据他们的才能，使他们各自有所成就。朕的儿子们将来都要肩负天下国家的责任，功臣的子弟将来也要身负官职的责任，教育他们的方法，应当以端正他们的内心为根本，内心端正，那么万事万物都能治理好了。如果不以正道引导他，他就会被众人的欲望所左右，那危害就难以说尽了。你们应该用实际的学问来辅助他们，不要只是效仿文人去记诵诗词文章罢了。
庚午日，朝廷征召原来元朝的回回司天台官郑阿里等十一人到京城，命令给他们粮食，赐给他们不同等级的衣服。
大将军徐达率领军队到达秦州马跑泉，元军守将吕德、张义等人逃走，俘获了元军的部将镇抚王某。派都督佥事陈德率兵追击逃到盐馆的吕德，将他抓获。让鹰扬卫百户李德春暂时镇守秦州，让参随陈忠代理州里的事务。
辛未日，元海北道廉访司佥事李文焕请求辞官归乡，朝廷赐给他文绮帛各四匹，米十石，钱一万二千，还提供船只送他回到淮安。
壬申日，大将军徐达传书命令都督耿炳文、指挥金兴旺各自运送军粮五千石到巩昌，命令合肥卫千户王宏率兵五百人驻守陇州，张规鲁率兵一千人驻守秦州。
甲戌日。大将军徐达的军队进入伏羌，夺取宁远，派遣指挥储秭在伏羌山洞进行搜捕，让参随苗成暂理伏羌县事务，让百户何胜守卫宁远，让参随刘彦龙暂理宁远县事务。
改南阳府嵩州为嵩县，隶属于河南府；将广平府磁州及武安县隶属于彰德府，真定府涉县隶属于磁州，把濮阳县并入开州，白马县并入滑州，都隶属于大名府，把滏阳县并入磁州。将大名府的濬州、彰德府的林州、广平府的威州都改为县。又把无锡州改为无锡县，仍然隶属于常州府。分割广东新州的新兴、阳江、阳春三县，隶属于肇庆府。撤销连州，把它所管辖的阳山、连山两个县隶属于韶州府。撤销梅州、循州，将所管辖的龙川、长乐、兴宁三县划归惠州府；程乡县划归潮州府。
乙亥日，朱元璋下诏让中书省编写《祖训录》，制定分封诸侯王国的城邑以及官属制度。
任命工部尚书单安仁为兵部尚书，孙克义为工部尚书。孙克义，是元朝的平章，曾经驻守真定。常遇春攻下真定，孙克义投降，到这时朱元璋提拔任用了他。
任命翰林待制秦裕伯为陇州知州。
皇帝听说元朝将领纳哈出拥兵占据辽阳成为边境祸患，就派遣使者拿着书信给元主说：‘我听说自古以来拥有国家的人，一定要知道天命去留的关键，审察人事成败的趋势，前进可以有所作为，后退足以自保，这是必然的道理。从前，您的祖宗兴起于北方，占有了中原地区，兵力强盛，事业兴盛，汉族和少数民族都归服。等到您即位的时候，朝廷内外还很安宁，兵力也不是不强大，人才也不是不兴盛。一旦发生很多变故，天下就会像鼎里的水沸腾一样动荡不安，处理事情违背正确的方法，力量就无法抵御（这种局面），从而导致英雄豪杰纷纷起来争夺（天下），百姓陷入极端困苦的境地。我原本是淮右地区的一介平民，不忍心坐视百姓受苦，于是顺应人心起兵。各路英雄豪杰所占据的地方，全都被我占有。您也知道天命所在，就退回到沙漠里去吧。我的军队不是不能尽全力穷追猛打，只是因为你懂得审时度势、通权达变，我在心里有些不忍心（这样做）。最近听说军队侵扰边疆，百姓遭受战争之苦，这难道是你的缘故，还是有人在肆意挑起事端呢？还是国君失策才导致这样的呢？如果真的不知道自我反省，却还做出这种举动，那么这就是不能认清形势，恐怕不是你的福分啊。朕如今为你仔细考虑，应当限定在北方沙漠之地，修养德行顺应天命，效仿宋朝南渡之后的做法，保守自己的一方土地，不断绝祭祀，不要轻易行动，以免给自己带来灾祸。又写信告诉纳哈出说：将军过去从江东告辞返回，不再互通音信，到现在已经十五年了。最近听说你在辽阳戍守，军队强大，你可称得上是有志向的人，我非常为你高兴。现在因为要派遣使者去见元君，取道经过您的营地，希望您派人将我派去的使者送到将军的营地，再让他回来。书信中没有多谈及（此事）。’
大将军徐达率领军队到达巩昌，元军守将平章梁子中、侍郎陈子林、郎中谭某、员外郎鄢某都出城投降。不久，总帅汪灵真保、平章商暠、左丞周添祥、达鲁花赤张虎、都帖木儿、万户董禔、雷清、石荣等人也相继到来，徐达都以礼相待，于是派都督佥事郭子兴守卫这座城池，送汪灵真保等人前往京城，仍然派遣右副将军冯宗异率领天策、羽林、骁骑、雄武、金吾、豹韬等卫的将士征伐临洮，都督副使顾时、参政戴德各自率领本部兵马征伐兰州。
皇上趁着与侍臣讨论医生用嘴吸痈脓的事情时说：‘朕曾经想过，人子和他的双亲是一体的，思念之情浓厚，精诚之至，必定会互相感应。’我过去遭遇兵乱，母后的坟墓被士兵挖开，我收殓遗骸时，在坟墓附近丢失了一截指骨，到处寻找都找不到，忽然找到一块骨头，但不敢肯定就是（母后的指骨）。听说世上有用手指血验证的方法，就咬破手指把血滴在上面，血果然渗了进去。等到用其他的骨头来检验，那么血就不会渗入。才知道亲人之间的气血相互感应是这样的，（这种感应）与其他人自然是不一样的。所以古代有母亲用力掐手臂、咬手指（以此示警），儿子就会心痛的情况，按道理是有这种事的。现在的父子兄弟一旦遇到利害关系，有的就会背叛彼此，不互相照顾，这是什么心态呢？
丙子日，皇帝下诏免除秦、陇等地新归附郡县的夏秋两季的税粮。大将军徐达派遣凤翔秀才张孝德去招降晓谕平凉。
丁丑日，右副将军冯宗异的军队抵达临洮，李思齐投降，冯宗异派人把他送到大将军的营帐。当初，思齐在凤翔的时候，皇上写信晓谕他说：‘之前派遣使者去互通信息问候，到现在还没有回来。’难道是因为我派去的人不得力，冒犯了您，所以您把他扣留在那里了吗？还是元朝使者刚到，您不能把他藏起来而杀掉他呢？如果这样，也是事情发展的常态。大丈夫应当光明磊落，怎么能因为小的嫌隙就耿耿于怀呢？你们拥有坚固的盔甲、锋利的兵器、幽深的壕沟、高大的壁垒，却一定要尽力来抵抗我们的军队，不知道到底想要干什么？以前您在秦中地区的时候，人们因为您兵多、地势险要而追随您，虽然有张思道专门崇尚欺诈武力，孔兴等人只顾自己保守地盘，扩廓帖木儿率兵在那里出没活动，然而他们都不是强劲的对手。您当时不能谋取秦国而自己称王，已经错失了这个机会。现在中原地区全部被我掌控，以前和您互相作为掎角之势的力量，都已经溃败逃窜潜伏起来，您凭借孤军与我对抗，只是白白地伤害生灵，最终没有任何好处。有高尚品德的人，难道会做这样的事吗？我知道你如果不守卫凤翔，就一定会深入沙漠地区，以谋求日后的行动。您刚刚来到这里，胡人可能会表面顺从，然而他们与我们不是同族，他们的心思一定不同。占据那个地方，不足以成为凭借，失去那个地方，恰好足以使自己灭亡，假使兵力威势一直强大，尚且可以。倘若中原跟随您的众人，因为胡地荒凉，有的不乐意居住在那里，他们的心思不可推测，一旦身边发生变故，您孤立无助力量单薄，妻子儿女都不能保全了。而且您原本是汝南的豪杰，祖宗的坟墓都在那里，深入思考、长远谋划的时候，难道唯独没有考虑到这点吗？如果真的能够用诚信互相承诺，离开夷狄之地而归附华夏，（我）必定会用汉朝对待窦融的礼仪来回报（你），不然的话就不是我所能知道（该怎么办）的了。思齐看到书信有投降的意思，他的养子赵琦和他的部下，骗他一起向西逃到吐蕃，思齐相信了他们，于是一起逃到临洮。赵琦等人私自掠夺财宝和妇女，躲避到山谷中，李思齐于是陷入困境。到这时宗异率领军队到来，于是李思齐就带领临洮投降，赵琦等也相继前来归附。宗异派遣宣使张本中到京城报捷，大将军徐达派遣指挥韦正以及赵琦、司马来兴、朵儿只吉等人驻守。赵琦，狄道人，又名脱脱帖木儿，当时人称赵脱儿，世代是元朝的土司。
都督副使顾时等人的军队攻克兰州，派指挥韩温镇守此地。
己卯日，大将军徐达率领军队进入安定州，让降将陈宗聚、李克让管理州中的事务，调青州右卫的官军驻守这里。
右丞薛显率领虎贲、骠骑、羽林等卫的将士攻打马鞍山西边番人的营寨，缴获了他们的牛马后返回。
癸未日，大将军徐达率领军队抵达会州，让参随黎宗文代理会州的事务，让指挥陈寿、周用等人守卫会州。当时有部下将领想要搜刮所攻下州县的羊和马用来供给军队使用，徐达对他说：‘西北的百姓，向来依靠畜牧养马为生，如今（我们）奉皇帝的命令慰问百姓讨伐罪人，原本就是要让百姓安定，如果全部搜刮他们的物资，他们将靠什么生活呢？’不允许。
甲申日，临洮的捷报送达。皇帝看完奏章后，立刻派遣使者前往告知大将军徐达说：‘将军率领军队西征，所到之处都取得了胜利。’现在李思齐又投降了，但不知道庆阳、宁夏的攻取情况怎么样了？张思道兄弟大多诡诈狡猾，如果他们前来投降，应该审慎地处理这件事，不要中了他们的计谋。军队中的事情，尤其应该谨慎对待。
命令设立临洮卫。
乙酉日，大将军徐达率军到达靖宁州，故元知院杜伯卜哈逃走了。徐达派遣指挥潘某率军追击他们，没有追上，只俘获了他们的马匹和士兵回来报告，于是徐达派人去招降他们，又派军队攻占了隆德县。第二天，军队翻越六盘山，到达开城，侦察人员报告说故元的豫王驻守在西安州，于是命令平章俞通源构筑营栅守卫开城，转移军队奔赴西安州，驻扎在海这个地方。于是那都派遣右丞薛显率领五千精兵去袭击豫王，豫王逃走了，（薛显）俘获了豫王的人口、头目以及车辆后返回。
戊子日。提升太仓卫指挥佥事翁德为指挥副使。在此之前，倭寇在海岛中出没，多次侵犯掠夺苏州、崇明，杀伤当地居民，抢夺财物，沿海地区都深受其害。当时翁德驻守太仓，率领官军出海追击，于是打败了他们，俘获了九十二名倭寇，缴获了他们的武器和海船。奏疏送达，皇帝下诏，说他有功，所以提拔他。他的官校有一千二百四十七人，赏赐了五千匹绮帛、二千五百六十九两白银；对于在战争中溺水而死的人，又加赐了钱、布、米。仍然命令翁德率领军队前去抓捕还没有被剿灭的倭寇。派遣使者祭祀东海神说：“我接受上天的任命，做中国的君主，只希望能安定百姓，不敢有丝毫懈怠。愚蠢的日本倭寇，屡次肆意进行抢劫掠夺，沿海的郡县，大多遭受他们的祸殃。现在命令将领统率水军，扬帆前往海岛，乘机征讨剿灭（敌人），来安定边疆的百姓。特地准备了祭祀的牲畜和美酒，用来告知神灵。
庚寅日，大将军徐达把所俘获的元朝豫王的人口以及头目和林童等人、二百辆车送到开城州，把在西安州所俘获的七千多男女送到北京安置。
癸巳日，淮安、宁国、镇江、扬州、台州府以及泽州分别献上了祥瑞的麦子，总共十二株，群臣都来祝贺。皇上说：“朕为了百姓的生活，只想着修养德行以达到和谐，来契合天地的心意，使日、月、星三光平和，寒来暑往合乎时令，五谷成熟，百姓得到养育，这就是国家的祥瑞。”大概国家的祥瑞，不是把物品当做祥瑞的。从前尧、舜的时代，没有出现祥瑞，又何曾有损于他们的圣德呢？汉武帝获得一只独角兽，还长出了九茎灵芝，当时的人都认为这是祥瑞。他不能谦虚退让、减少劳役，抚慰安定百姓，使国家安定，而是好大喜功，穷兵黩武，最终使国内空虚，百姓困苦，国力衰竭，后来虽然后悔，却已经来不及了。在这之后又有了神爵、甘露年间的奢华。导致山崩地震，汉朝的德运从此就衰落了。由此看来，祥瑞没有验证，而灾异却有验证，能不警惕吗？
均州、房州山寨中的符谷明等七十人前来归降，皇帝下诏书命令他们前往温州、明州守卫防御。
改建昌卫为建昌守御千户所。
大明太祖圣神文武钦明启运俊德成功统天大孝高皇帝实录卷之四十一