阿罗拉地区，宝可梦学校。
星之茧在后山持续散发着幽邃的光芒，如同一个沉默的计时器，提醒着众人时间的紧迫。库库伊博士与露莎米奈、碧珂反复商讨后，一个旨在加速科斯莫古（星之茧）成长、以期它能尽快进化成足以应对奈克洛兹玛的日月之神的计划，被正式提上日程。
“根据古老的记载和卡璞·鸣鸣传递的意念，”库库伊博士在临时召集的会议上对众人说道，“科斯莫古的进化，尤其是进化到最终形态，需要吸收极其庞大而精纯的‘光’之能量。这种能量，并非普通的光线，而是蕴含着阿罗拉诸岛本源意志与自然精华的‘精纯之光’。”
他调出一副阿罗拉地区的全息地图，上面标注了几个闪烁着微光的地点：“这些‘精纯之光’，通常会以高度凝聚的能量结晶形态，存在于各个岛屿一些特殊的地点——比如美乐美乐岛的生命遗迹、阿卡拉岛的战争遗迹、乌拉乌拉岛的辉石遗迹以及波尼岛的终结洞窟深处。我们需要前往这些地方，收集这些结晶。”
“太好了！终于有具体的事情可以做了！”小智摩拳擦掌，斗志昂扬。
莉莉艾看着地图上标注的地点，幽蓝色的眼眸中闪过一丝坚定。她知道，这不仅是拯救阿罗拉的行动，也是她提升自己、证明价值的机会。
“但是，”库库伊博士语气转为凝重，“我们必须考虑到奈克洛兹玛虽然被暂时禁锢，但究极之洞依旧不稳定，随时可能有究极异兽涌出，甚至不排除等离子队残党或其他势力趁火打劫。因此，这次行动，我们必须集体行动，分成小组，互相照应，确保安全和效率！”
集体行动的计划得到了所有人的赞同。莎莉娜、水莲、玛奥等人纷纷表示会全力以赴。马玛内已经开始利用他的“逻辑强化”能力，分析各个遗迹可能存在的机关和最优路线。
x 沉默地听着计划，他的目光扫过全息地图，暗彩色的瞳孔深处，三角平衡回路无声运转，似乎在计算着能量流动与潜在风险。他注意到，这些遗迹的位置，隐隐与阿罗拉地区的空间节点有所关联，收集精纯之光的过程，或许本身就会对这片脆弱的空间产生影响。但他没有提出异议，眼下这是唯一可行的方案。
露莎米奈看着这群虽然年轻却已历经磨难的训练家，深吸一口气：“以太基金会会为各位提供最快的交通工具和必要的物资支援。一切…就拜托各位了。”
就在阿罗拉这边紧锣密鼓地准备着“精纯之光”收集行动时，世界其他地区的暗流，也正以惊人的速度奔涌着。
丰缘地区，送神火山深处。
阴冷潮湿的空气仿佛能冻结骨髓，火山内部特有的硫磺味混合着某种古老而沉重的气息。赤焰松带领着火岩队的精锐，凭借着那份探测到的、微弱却无比精纯的大地本源波动，终于突破了层层古老的机关与守护宝可梦的阻拦，踏入了一个巨大的、仿佛由岩浆冷却后形成的黑色岩洞深处。
岩洞中心，一片相对平坦的区域内，一头庞然大物正匍匐在地，如同山峦般沉睡。祂通体呈红色，皮肤如同干裂的大地，背部是巨大的、如同火山口般的甲壳，周身散发着令人心悸的、仿佛能承载万物又随时可能爆裂开来的大地威能——正是超古代宝可梦，大地之神，固拉多！
然而，与传说中那执掌大地、扩张陆地的威严形象不同，此刻的固拉多气息极其微弱且不稳定，身体表面布满了不祥的暗红色裂纹，仿佛随时会崩解。祂显然在卡洛斯的神战中遭受了难以想象的重创，此刻正陷入最深沉的休眠以修复自身。
“找到了！伟大的大地之神！”赤焰松激动得浑身颤抖，眼镜片后的双眼闪烁着狂热的火焰，“祂果然在这里沉睡！虽然虚弱，但这正是我们的机会！启动‘大地共鸣器’！我们要帮助固拉多大人恢复力量，引导祂净化这个被海洋侵蚀的世界！”
火岩队成员立刻开始布置复杂的仪器，试图与沉睡的固拉多建立能量连接。
几乎在同一时间，琉璃市外的深海海沟最深处。
水梧桐和他的水舰队精英，乘坐着特制的抗压潜水艇，也抵达了他们的目标所在。在一片幽暗的、只有深海发光生物提供微弱光源的巨大海沟中，一头蓝色的、如同鲸鱼与 龙结合体的庞大存在，正静静悬浮在冰冷的海水中。祂周身覆盖着蓝色的甲壳，胸口的蓝色花纹散发着深邃的海洋之力——正是海洋之神，盖欧卡！
与固拉多类似，盖欧卡也处于重伤后的沉眠状态，气息起伏不定，身体表面的蓝色光泽黯淡，仿佛随时会熄灭。卡洛斯神战的代价，对这两位超古代神明而言，同样沉重。
“哈哈哈！海洋的化身！盖欧卡大人！”水梧桐在潜水艇内发出豪迈的笑声，“终于找到您了！启动‘潮汐共鸣装置’！我们要唤醒盖欧卡大人，让蔚蓝的荣光再次覆盖整个星球！”
丰缘双神沉睡之地被两大邪恶组织侵入，试图利用神明重伤虚弱的状态，强行将其唤醒并加以控制。一旦让他们得逞，尚未从卡洛斯事件中完全恢复的丰缘地区，将面临比天灾更加可怕的、人为引导的毁灭！
关东\/城都地区，联盟总部。
一间气氛严肃的办公室内，身披冠军披风的大吾（暂时从卡洛斯返回关都处理紧急事务）正与几位天王及高级检察官进行远程通讯。屏幕上，一位有着墨绿色短发、眼神锐利如鹰的青年正在汇报，正是奉命前往合众地区支援的青。
“合众地区的情况基本稳定。”青的声音透过通讯器传来，冷静而清晰，“在N、布莱克冠军以及…当地一位强力外援的协助下，等离子队的有生力量已被大幅削弱。七贤者目前确认只剩两人在逃，分别是高位贤者萤以及另一名中等贤者。等离子队冠军级的底牌训练家已确认全部被清除。”
他顿了顿，补充道：“魁奇思依旧下落不明，阿克罗玛博士也在混乱中神秘消失。另外，我与那位外援颜澜合作，在追捕贤者萤的过程中将其重伤，但最终还是被他利用扭曲之力逃脱。此人极度危险，实力已达天冠军级初期，且手段残忍，需高度警惕。”
大吾揉了揉眉心，合众的局势算是近期难得的好消息，但魁奇思和阿克罗玛的失踪，以及萤的逃脱，都意味着隐患未除。“辛苦了，青。继续协助合众联盟进行扫尾工作，务必找到魁奇思和阿克罗玛的下落。至于那个萤…发布国际通缉令，全力追捕。”
“明白。”青点了点头，结束了通讯。
大吾看向办公室内的其他人，语气沉重：“丰缘那边的情况不容乐观，火岩队和水舰队已经找到了固拉多和盖欧卡。我们必须立刻采取行动！”
合众地区，某处荒芜的岩地。
颜澜看着萤消失的方向，星辰般的眼眸中寒光未散。他身边，艾路雷朵的臂刃上还残留着【圣剑】的能量余晖，耿鬼在一旁的阴影中若隐若现。
“让他跑了。”颜澜的声音听不出喜怒。萤的实力和狠辣确实超出了他的预估，尤其是那扭曲之力，诡异难防。最后关头，萤不惜以重伤为代价，强行撕裂空间遁走。
“他的宝可梦…很强，但也很…痛苦。”颜澜能感觉到萤那些传说宝可梦身上缠绕的、被强行束缚和压抑的意志。这与他的信念背道而驰。
他没有停留，转身离去。狩神的道路还很漫长，萤只是其中一个比较棘手的猎物。他需要继续变强，才能狩猎更强大的“神”，才能揭开当年父母惨案的更多真相。
世界的齿轮，仿佛在这一刻被无形的手拨快了转速。阿罗拉的训练家们为了希望而集结，准备踏上收集光之结晶的旅程；丰缘的邪恶组织为了野心而冒险，试图染指重伤的神明；关都的联盟为了秩序而调度，应对着来自各方的威胁；合众的黑暗在清剿中潜伏，等待着卷土重来的机会。
而在所有这一切之上，那名为“d”的至高意志，依旧冷漠地注视着。祂禁锢了奈克洛兹玛，转移了赤红等人，引导着科斯莫古的进化…所有的暗流与奔涌，似乎都未能超出祂那庞大而精密的剧本。
风暴，正在全球范围内酝酿。而阿罗拉，这个看似平静却暗藏最大危机的群岛，即将再次成为漩涡的中心。宝可梦学校的众人，即将为了守护家园与希望，踏上征途。他们的行动，又将在这盘错综复杂的棋局中，引发怎样的连锁反应？