成功通过了乌拉乌拉岛那融合了生存抉择与应对恶意的考验后，年轻的巡礼者们带着新的感悟与Z纯晶，踏上了前往最后一岛——波尼岛的旅程。海风带着不同于其他岛屿的、更加古老而神秘的气息扑面而来。
在船上，卡奇抱着他可靠的嘎啦嘎啦，向还有些兴奋的小智等人泼了盆“冷水”。“别高兴得太早，小智。之前的考验，说到底只是‘小考验’。”
“小考验？”小智不解。
“没错，”马玛内推了推他的护目镜，解释道，“诸岛巡礼真正的核心，是最后的‘大考验’——挑战各岛的岛屿之王或岛屿女王！只有通过了他们亲自设下的最终试炼，才能获得真正属于自己的Z手环，以及能够永久使用的Z纯晶！”
水莲补充道：“我们现在获得的这些Z纯晶，能量是有限的，只能使用几次，算是体验版吧。”
玛奥笑着点头：“所以，真正的挑战现在才开始呢！”
众人这才恍然，原来之前的艰辛不过是开胃菜，真正的重头戏还在后面。小智的斗志燃烧得更加旺盛，莎莉娜也感到了更大的压力与动力，莉莉艾轻轻抚摸着她怀中已经变得活泼好动的白滚滚，眼神坚定。x 则依旧沉默，但眼中也闪过一丝期待，与岛屿之王的对战，无疑是检验自身与伙伴们实力的绝佳机会。
船只靠岸，波尼岛展现在他们眼前。这里充满了远古的气息，有着宏伟的古代遗迹、静谧的森林以及被称为“生命遗迹”的彼岸。然而，一踏上岛屿，他们就感觉到了一种不同寻常的氛围。空气中弥漫着淡淡的焦躁感，原本应该充满生机的自然能量似乎有些紊乱。
他们按照指引，来到了波尼岛的岛屿女王——哈普乌通常所在的遗迹附近，却并未看到那位据说身材娇小、说话带着古风的口吻的岛屿女王。
一位当地的居民告诉他们：“哈普乌大人前几天就离开了，和守护神卡璞·鳍鳍一起。据说波尼岛附近的究极之洞非常不稳定，出现了异常扩张的迹象，甚至影响到了空间结构，哈普乌大人必须去处理。”
“究极之洞又不稳定了？”莉莉艾担忧地抱紧了六尾，她想起了之前在阿卡拉岛感受到的那一丝异常气息。
库库伊博士（作为随行导师一同前来）闻言，眉头紧锁：“情况已经这么严重了吗……”他作为曾经的岛屿之王候选人和皇家蒙面人，深知究极之洞失控的可怕后果。
成也·大木校长也面露忧色：“看来以太基金会的警告并非空穴来风。”
波尼岛的大考验因为岛屿女王的缺席而不得不暂时推迟。这突如其来的变故，给原本斗志昂扬的巡礼者们心头蒙上了一层阴影。他们能感觉到，阿罗拉正在面临一场潜在的巨大危机。
库库伊博士当机立断：“在哈普乌回来之前，我们不能干等。大家继续在波尼岛进行适应性训练，熟悉这里的环境。同时，保持警惕，如果发现任何究极之洞异常或者究极异兽的踪迹，立刻报告！”
众人分散开来，在波尼岛这片古老的土地上各自行动。小智带着宝可梦们探索着遗迹，试图寻找训练的灵感；莎莉娜和莉莉艾在相对安全的区域进行着表演和照顾宝可梦的练习；马玛内、水莲、卡奇等人也各自寻找着适合的训练场地。
x 则选择了波尼岛一处偏僻的海岸岩礁区进行训练。这里人迹罕至，岩石嶙峋，海浪拍岸，适合由基拉和混混鳄进行更加严酷的耐力与抗干扰训练。
然而，并非所有踏上波尼岛的人都在专注于正事。
……
与此同时，在波尼岛另一片风景秀丽的海湾。刚刚（又一次侥幸）摆脱了穿着熊追逐的火箭队三人组，正瘫坐在沙滩上，精疲力尽。
“好……好讨厌的感觉……”武藏有气无力地呻吟。
“为什么我们总要经历这些……”小次郎望着蓝天，眼神空洞。
“都是武藏的错啦喵……”喵喵习惯性地甩锅。
就在这时，小次郎注意到不远处的礁石旁，有一只颜色鲜艳、形似海星，却有着如同时尚妆容般面孔的宝可梦，正用一双大眼睛，一眨不眨地盯着他。那眼神……似乎带着某种难以言喻的……痴迷？
“诶？那只宝可梦是……”小次郎好奇地指了指。
武藏和喵喵也看了过去。
“那是好坏星啦喵，”喵喵认了出来，“看起来好像对你有意思哦，小次郎~”
小次郎还没反应过来，那只好坏星（Lv.32）就突然跳了起来，以极快的速度扑向了小次郎，用它那带着毒刺的触手紧紧地缠住了小次郎的脸！
“哇啊！救、救命！好痛！而且感觉好奇怪！”小次郎手舞足蹈地挣扎着，但好坏星却越缠越紧，还发出了类似撒娇般的“啾啾”声，仿佛在说“终于找到你了，我的初恋！”（原来，小次郎之前因为某种原因中毒后脸色发青的样子，莫名地戳中了这只好坏星的审美点，让它一见钟情了。）
武藏和喵喵看着这诡异的一幕，目瞪口呆。
“它……它好像真的喜欢小次郎诶！”
“因、因为中毒的样子像它的初恋？这是什么奇怪的癖好喵？！”
就在小次郎快要窒息的时候，好坏星似乎察觉到他很不舒服，稍微松开了些触手，但还是恋恋不舍地缠着他的胳膊。小次郎看着好坏星那“深情”的眼神，不知为何，心里竟然生不起太多厌恶，反而有点……哭笑不得？他鬼使神差地拿出了精灵球。
好坏星见状，欣喜地主动碰了一下按钮，化作红光被收了进去，没有一丝挣扎。
【小次郎的好坏星，Lv.32，特性：不仁不义】
小次郎看着手中的精灵球，表情复杂：“这……这算是收服了吗？”
武藏和喵喵：“……”（这收服方式也太诡异了吧！）
而武藏的“奇遇”则发生在更早一些时候。那还是他们在美乐美乐岛，一次精心策划（自认为）的捕捉皮卡丘行动中。当他们照例喊着口号登场，却被小智和皮卡丘轻易击飞后，武藏落在了一片小树林里。
她正气恼地抱怨着，忽然看到一棵树后，藏着一只看起来像是破旧布偶、身体大部分被一块布覆盖，只露出眼睛和一双小脚的宝可梦。那只宝可梦（Lv.35）一看到武藏（主要是她身边那个会说话的喵喵？不，它的目光死死锁定在了远处小智的皮卡丘身上），眼中瞬间燃起了熊熊的怒火和……怨念！
它不由分说，就对着武藏（以及她身边的喵喵和刚刚赶来的小次郎）发动了猛烈的攻击！【暗影爪】凌厉无比，【绘画】招式诡异难防，实力相当不俗！
“这、这家伙是怎么回事啊？！”武藏狼狈地躲闪着。
“它好像特别恨皮卡丘的样子喵！”喵喵发现了关键。
在一番混乱（主要是谜拟q追着他们打，顺便波及了试图反抗的他们）之后，武藏趁着谜拟q攻击的间隙，下意识地用从小次郎那里拿来的豪华球扔了过去——本来没抱希望，没想到谜拟q竟然直接被收了进去！似乎它认为，借助武藏（和火箭队）的力量，能更容易地接近并打败那只可恶的皮卡丘。
【武藏的谜拟q，Lv.35，特性：画皮】
于是，火箭队三人组在阿罗拉，以这种极其“火箭队”风格的方式，意外地收获了两位画风清奇的新成员。好坏星对小次郎“情有独钟”，而谜拟q则对皮卡丘（以及可能所有皮卡丘？）怀有深切的怨念。他们的阿罗拉“潜伏”任务，也因此增添了更多混乱和……莫名的“喜剧”色彩。
……
波尼岛的训练在继续。库库伊博士放出了他的两只主力宝可梦——炽焰咆哮虎（Lv.81）和勇士雄鹰（Lv.80），亲自指导学生们进行对战练习，尤其是针对Z招式的运用与防御。炽焰咆哮虎那充满压迫感的火焰腰带和强悍的近身格斗能力，勇士雄鹰那凌厉的空袭与强大体力，都让年轻训练家们受益匪浅，也让他们更加直观地感受到了岛屿之王\/女王级别训练家的强大实力。
x 在训练中，也首次尝试着将三枚恶Z纯晶的力量短暂地共鸣，引导混混鳄施展了一次不完整的恶Z招式【黑洞吞噬万物灭】。虽然因为缺乏Z手环和永久纯晶，威力远未达到巅峰，且消耗巨大，但那瞬间爆发出的、仿佛能吞噬光线的深邃黑暗，依旧让在场所有人感到心悸，也让库库伊博士对他投去了更加深邃的目光。
然而，无论是巡礼者们的紧张训练，还是火箭队三人组的滑稽“奇遇”，都无法掩盖波尼岛上空那越来越浓郁的不安气息。究极之洞的异常，如同悬在阿罗拉上空的达摩克利斯之剑，随时可能斩落。而岛屿女王哈普乌与守护神卡璞·鳍鳍的迟迟未归，更是让这份等待充满了未知与焦虑。
所有人的心中都萦绕着一个问题：波尼岛的大考验，究竟何时才能开始？而阿罗拉面临的危机，又将以何种形式爆发？