艾丽与阿尔法弦带领联盟成员死里逃生，回到联盟总部。总部大厅内气氛凝重，各文明代表齐聚一堂，焦急地等待着他们的汇报。艾丽紧握着融合晶体，晶体散发着微微光芒，似在警示着潜在的危险。“各位，黑暗势力残余的阴谋远比我们想象的复杂且危险。他们企图利用黑洞制造能吞噬宇宙的能量风暴，虽我们暂时阻止了这次危机，但他们绝不会善罢甘休。” 艾丽的声音坚定而沉重，目光扫过在场的每一位代表。阿尔法弦微微点头，星环羽翼在身后轻轻颤动，补充道：“没错，我们必须尽快梳理线索，找到黑暗势力残余可能的下一步行动，防患于未然。”
在接下来的日子里，艾丽和阿尔法弦带领着由各文明精英组成的调查小组，全身心投入到对黑暗势力残余阴谋的深度剖析中。他们收集了从黑暗飞船上获取的所有数据，以及在阻止阴谋过程中的能量波动记录，运用先进的技术和融合晶体的特殊感知能力，试图从中找出隐藏的线索。经过日夜的努力，艾丽在大量的数据中发现了一个惊人的规律。
“阿尔法弦，你看这些能量波动曲线。虽然表面上看似杂乱无章，但经过特殊算法解析后，我发现它们似乎指向宇宙核心区域的几个特定坐标。而且，这些坐标附近的能量反应，与黑暗势力残余的黑暗能量特征极为相似。” 艾丽指着巨大的全息屏幕，神色凝重地说道。阿尔法弦仔细观察着屏幕上的数据，眉头紧锁，“难道黑暗势力残余在宇宙核心区域还隐藏着其他阴谋？我们必须立刻前往调查。”
于是，艾丽和阿尔法弦带领着一支精锐的宇宙联盟舰队，朝着宇宙核心区域进发。当舰队靠近那些可疑坐标时，一种压抑的黑暗气息扑面而来。艾丽运用融合晶体感知周围环境，脸色瞬间变得十分难看。“阿尔法弦，情况比我们想象的还要糟糕。在这些坐标处，黑暗势力残余埋下了一种被我称为‘黑暗种子’的神秘装置。这些装置正不断吸收周围的宇宙能量，一旦达到临界值，将会引发一场足以撼动整个宇宙能量循环的连锁反应，其后果不堪设想。”
阿尔法弦神色一凛，“他们究竟想干什么？引发宇宙能量循环的混乱，对他们有什么好处？” 艾丽继续解读融合晶体反馈的信息，“根据我的推测，黑暗势力残余企图利用这种混乱，打破现有的宇宙秩序。他们认为，在混乱中，黑暗能量将占据主导，从而为他们重塑一个由黑暗统治的宇宙创造条件。而且，从能量吸收的速度来看，这些‘黑暗种子’即将达到临界值，我们的时间不多了。”
舰队小心翼翼地靠近其中一颗 “黑暗种子”。这颗 “黑暗种子” 形似一颗巨大的黑色晶体，表面布满了诡异的符文，不断向外散发着强大的黑暗能量波动。艾丽和阿尔法弦试图运用舰队的武器系统摧毁它，但当能量光束击中 “黑暗种子” 时，却被其表面的一层神秘护盾反弹回来。阿尔法弦挥动星环羽翼，释放出强大光芒，试图突破护盾，但同样收效甚微。
艾丽集中精神，运用融合晶体研究护盾的能量构成。经过一番努力，她发现护盾的能量频率与 “黑暗种子” 吸收的宇宙能量频率存在某种关联。“阿尔法弦，我找到护盾的破解方法了。我们可以通过调整舰队武器的能量频率，使其与‘黑暗种子’吸收能量的频率产生共振，从而干扰护盾的稳定性。” 艾丽说道。阿尔法弦点头表示赞同，“好，艾丽，你指挥舰队调整武器频率，我来配合攻击。”
在艾丽的指挥下，舰队的武器系统开始调整能量频率。当频率调整到合适数值时，艾丽下令开火。一道道能量光束带着特定频率射向 “黑暗种子”，与护盾产生了强烈的共振。在共振的作用下，护盾开始出现波动，能量逐渐减弱。阿尔法弦趁机挥动星环羽翼，释放出一道蕴含强大力量的光芒，击中 “黑暗种子”。随着一声巨响，“黑暗种子” 表面的护盾被成功打破。
然而，就在他们准备彻底摧毁 “黑暗种子” 时，周围突然出现了一群黑暗生物。这些黑暗生物身形巨大，周身散发着浓烈的黑暗能量，眼睛闪烁着血红色光芒，挥舞着锋利的爪子，朝着舰队扑来。阿尔法弦迅速展开星环羽翼，冲向黑暗生物。他挥动星环羽翼，释放出强大光芒，与黑暗生物的黑暗能量相互碰撞，爆发出耀眼的火花。舰队成员们也纷纷拿起武器，与黑暗生物展开激烈战斗。
艾丽在战斗间隙，继续关注着 “黑暗种子” 的情况。她发现，“黑暗种子” 在受到攻击后，能量吸收速度加快，似乎在启动某种应急机制。艾丽意识到，必须尽快摧毁 “黑暗种子”，否则一旦它达到临界值，后果将不堪设想。她集中精神，将融合晶体的力量与舰队的能量核心相结合，释放出一道强大的净化光芒，射向 “黑暗种子”。在强大的能量冲击下，“黑暗种子” 开始出现裂痕，内部的黑暗能量也开始泄漏。
黑暗生物们似乎察觉到了 “黑暗种子” 的危机，更加疯狂地攻击舰队，试图阻止艾丽和阿尔法弦摧毁它。阿尔法弦全力抵挡黑暗生物的进攻，为艾丽争取时间。艾丽则不顾危险，加大净化光芒的输出力度。终于，在艾丽强大的能量冲击下，“黑暗种子” 轰然破碎，化作无数碎片，内部的黑暗能量也随之消散。
随着第一颗 “黑暗种子” 被摧毁，舰队成员们士气大振。但艾丽和阿尔法弦知道，还有更多的 “黑暗种子” 等待着他们去摧毁，而时间已经所剩无几……