王继恩的大军进入剑门关后几乎是长驱而入直奔成都，这支他从京城带出来的北宋禁军在面对一群刚刚拿起刀枪的农民时表现得确实堪称战力非凡。宋军所过之地沿途州县尽皆收复，王继恩先前派出的一支由曹习率领的偏师也从长江的水路经葭萌关直逼老溪口，宋军水师在此地大破数万起义军并趁势收复阆州。
公元994年5月6日，王继恩亲自率领的陆路大军在一阵高歌猛进之后兵临成都城下。
宋军对成都的收复之战实在是没什么可说的，因为它本身就是没什么可说的。驻守成都的起义军有十余万之众，而王继恩的军队只有三万人左右，但成都却被宋军一鼓而下。城破之时，十余万的起义大军竞相从城内鱼贯而出，但他们不是来拼命的，而是逃命的。宋军砍瓜切菜式地在城外斩杀三万余人方才收兵入城，这些人里面当然不全是起义军，有好些都是在城破之时争相逃避兵祸的百姓，可他们终究还是死于刀枪之下。这一天，成都城外可谓是冤魂无数。在这一战中起义军的主要头目几乎被宋军一锅端，就连李顺在宋朝的官方史料中也是被宋军生擒。
当然，李顺被生擒这个事是极有争议的，关于他的下落也有好几种说法，分别是：城破之日战死、被宋军俘虏后遭虐杀而死、在陕西被公开处死、伪装成僧人逃出了城从此销声匿迹。不管是哪种说法，李顺从此以后就在历史上消失了，他的人生和历史使命到此为止。
轰轰烈烈的蜀川起义就此算是告一段落，它前后不过一年的时间，而真正的高潮阶段也就是三个月左右，它来得快去得也快，从巅峰到覆灭的整个过程完全就是一次自由落体运动。这多么像是一场不可思议的梦，可在梦醒之后人们眼前所看到的却是真实的、令人感到痛心疾首的满目疮痍。这场起义说到底没有赢家，所有参与其中的人都是输家，而对蜀川的百姓来说，最大的伤害此时才刚刚开始。成都的收复以及起义军首脑人物的集体落网就像是强行拔掉了一颗毒疮，在这之后真正的痛感才会开始降临。
总体而言，王小波和李顺的起义大军不同于其他朝代的农民起义军，他们并非是一群纯粹只知道杀戮、破坏和掠夺的匪兵。这方面他们甚至比历史上很多朝代的正规军都要纪律严明，他们所打击的对象也只限于宋朝的军队和官吏以及地主恶霸。
吾嫉贫富不均，今为汝等均之——王小波当初的起义宣言被忠实地执行着，也正因如此，虽然起义军燃起的烽火烧遍了蜀川大地，但普通的老百姓并未因此而受多少战乱的波及。然而，当王继恩攻下成都之后这一切都变了。
按理说，你王继恩的任务就是彻底剿灭起义军，而此时他也只是攻下了成都而已，从成都败退的起义军以及盘踞在成都以外的诸多州县里的起义军眼下仍然数以十万计，甚至是成都近郊的很多地方仍然被起义军控制着，形势之险恶以至于成都的城门在大白天里都是关上的。那么，在这种局势下你王大公公是不是应该亲自带领大军出城前去逐一讨平这些“反贼”呢？
不！绝不！王大公公绝不这么想！
我王继恩在皇帝身边伺候了大半辈子，这一回好不容易成了主子，我如果不享受一回怎么对得起陛下的皇恩浩荡？还有这成都府，都说成都是个好地方，如今看来果然是名不虚传，我这几个月里又是赶路又是打仗，我就不能暂时休整一下吗？至于外面的那帮乱贼，他们自会有人去收拾，皇上已经派兵从长江水路逆流而上，只要他们沿途一路打到成都，那乱贼基本上也就全部荡平了。再说了，成都这么重要的地方我肯定得驻扎重兵防守，如果我的大军出城却被贼人趁机钻了空子害我又丢了成都，那我的罪可就大了。所以，我还是在城里舒舒服服地好好待着吧！
王继恩是这么想的，也是这么做的，他在成都整日饮宴享乐，每次出行都是前呼后拥且锣鼓喧天声乐长鸣着实堪称威风八面。他这样，他的士兵则更上一层楼，由他带入蜀川的士兵在进城之后军纪涣散瞬间变成了霸道蛮横的土匪兵，这些人在城内不但随性杀人，而且还大肆剽掠金帛和子女，成都的百姓对此是敢怒不敢言。王继恩如此所为和当年王全斌灭掉后蜀进入成都之后的情形几乎是如出一辙，与自己的前辈相比，王继恩和他的部下就差集体大屠杀这事没干了。
成都城里是一片人间苦海，而城外也随即再次烽火连天。李顺手下的一个名叫张余的部将纠集流窜于各地的余部数万人再次群起举事。张余没敢去招惹王继恩在成都城里的大军，他带着这几万人直奔成都的东南方向而去，短时间内，张余所部相继攻陷蜀川的嘉州、戎州、泸州、渝州、涪州、忠州、万州、开州等数州之地。宋军的开州监军秦传序在外无援兵内无粮草的绝境中率部拼死抵抗，无奈众寡悬殊，城破之时秦传序投火自焚壮烈殉国。
成都虽然再次回到宋朝手里，但此时的蜀川大地却依旧是烽火连天的景象，各地分散驻守的宋军更是时刻都处在起义军的强势高压之下。
成都城破，首领李顺被处死，起义军主要将领和头目都被擒，数十万大军经过梓州和成都两战业已土崩瓦解，宋朝皇帝已经下诏免除百姓所拖欠的所有赋税——面对如此局面为何还会有人跟着张余继续造反呢？为何战火反而还更加不可收拾呢？要想回答这个问题只需要回答两个词：既得利益者和权力。
当你试图去打破一种已经形成的社会构架和模式之时也就意味着你是在向某个既得利益集团开战，此话放之于此时，那些本是农民但却在起义的过程中变成了统兵将帅以及政府官员的人就是一个庞大的既得利益集团。如果就此归顺朝廷，那么他们还是农民，还是要替地主种地的佃户，还是生活在社会的最底层。对于已经实现了人生角色的蜕变并品尝过这其中美妙滋味的人来说，再度回归于田间地头几乎是难以想象和忍受的，为了维护和保有自己已得的利益，他们只能选择继续与宋朝对抗。
至于权力，这个东西就是另一种形式的精神毒品，任何人一旦品尝到了它的滋味就很难自拔。试问：一个人把脑袋别在裤腰带上才换来的权力和富贵能是说扔就能扔得掉的吗？
刘黑闼这个人不陌生吧？作为窦建德麾下的超级猛将，他在窦建德败亡之后也选择重新回家种地，可这位曾经大口吃肉大碗喝酒且统兵数万纵横于沙场的大将军最终还是没法说服自己就此老死于田间地头，他扔下锄头再次起兵并在河北大地上将新兴的李唐王朝搅得是天翻地覆。昨日的刘黑闼，此时的张余以及与张余有着同样心理的起义军都是属于此类吃过螃蟹就再不愿意回去吃粗糠的人。
在攻陷了八州之地后，张余趁势率部再攻夔州（今重庆奉节），赵光义派遣宋军“峡路都巡检”白继赟带兵经水路日夜兼程赶来增援夔州。白继赟与夔州巡检使解守容合兵一处在西津口列阵迎敌，一场血战下来张余大败，宋军斩首张余所部两万余级，缴获战船千余艘。这一战让整个战场血流成河，就连汹涌而流的长江水都变成了一片血红之色。
击败张余之后，白继赟挥师北进于次月在广安军（今广安市渠江县 ）再次遭遇起义军张罕所部两万余人的阻截，此战宋军再次大胜。白继赟转战进兵至合州（今重庆合川），盘踞于此的起义军很快也被击败。八月底，白继赟追击张余残部至云安军（今重庆市云阳县 ），张余再次被击败。至此，张余所属的数万人马损失殆尽再不能掀起多大的风浪，而王小波、李顺的农民起义到此也基本宣告寿终正寝。