第二天，袁崇焕用上好的楠木棺材收敛了毛文龙的尸体。并且当着万余将士的面，宣布了昨天的事情。袁崇焕久在辽东，积威甚重，将士们都敬畏他。特别是现在是双岛，在袁崇焕的地盘内，所以斩杀毛文龙并未引起太大的波动。
袁崇焕将楠木棺材摆在大校场的正中央，搭建了简易的灵堂，朝着万余将士和毛文龙的余部饱含深情的说道：“毛帅，老哥，小弟昨天杀你，是不能不顾朝廷的法律，你我皆为朝廷命官，做官第一要务就是遵纪守法，如果连我们都不能带头表率，怎能指望将士们军纪严明呢？但我今天要祭奠你，对于我来说除掉你总兵的身份，你是我的兄长，也是我的朋友，我在这里给你准备了上好的京师女儿红，请你畅饮！”
说罢，将手中的酒瓶打开，将酒倒在棺木周围，然后扶棺大恸，颇有些诸葛亮哭周瑜的味道，情之深意之切，在场的万余将士无不落泪，毛文龙的部将更是哭的上气不接下气，这些人一是在哭毛文龙，二是在哭自己，毕竟毛文龙一死，皮岛群龙无首，自己以后何去何从呢，众人前途未卜，眼泪倒是真的，一时间万余将士哭声震天。
紧接着，袁崇焕安排毛文龙余部乘船，自己也领精兵三千和福建水师舰队一起返回皮岛，手持尚方宝剑当中宣读了对皮岛众人的处置，皮岛留守的毛承祚，陈继盛等人得知大帅身死的消息之后大吃一惊，但是袁崇焕三千精兵很快控制住了局面，毛承祚就是有心造反，也不敢轻举妄动，随即袁崇焕恩威并施，好好的展示了一番督师的手段，赦免了皮岛众人的罪过，并且将他们官升一级，保举毛文龙的儿子继任东江副总兵的位子。毛承祚猛然升到副总兵高位，虽然老爹被袁崇焕斩了，但是心下喜不自胜。
袁崇焕将毛文龙在皮岛的两万兵马分成四协，将毛承祚，陈继盛，徐敷奏，刘光祚分别作为每一协的首领，毛文龙本身有天启皇帝御赐的尚方宝剑和敕印，也被袁崇焕收回，然后交给毛承祚和陈继盛保管，又将岛上的军民全部聚集到一起，宣读了废除毛文龙苛政和实施朝廷新政的政策，并且将随船带来的十万两白银分发给岛上的居民，这一举动也赢得了民心。暂时是将岛上的局势完全稳定住了，可是也留下了巨大的隐患，从此以后，皮岛军民不再是一块铁板，而是分成了四块，互相不统属，陈继盛和毛承祚同为副总兵，也为日后谁也不服谁，谁也不听谁的事情埋下了隐患。
回到了锦州，袁崇焕立刻将此事写成奏折，飞马直报京师，崇祯皇帝接到奏折之后大为光火，将韩爌招到养心殿，王承恩将袁崇焕的奏折递到韩爌手上，韩爌一目十行的扫视一遍。崇祯怒道：“袁崇焕这个混账，朕赐给他尚方宝剑，临行之前千叮咛万嘱咐，让他就算是对毛文龙不满，也要将其抓捕押解京师，由朕组织三司问罪，他可倒好，直接把毛文龙斩了，毛文龙是一品左都督，说起来官不比袁崇焕小，他这么擅自作为，将朕置于何地，如果逼得毛文龙旧部造反，这个责任他担待的起吗？辽事如果因此败坏，朕就剐了袁崇焕。”
韩爌看完了奏折心想，这个袁崇焕行事太过放肆，竟然擅自做主斩杀一品大员，当今圣上生性多疑，你这么大张旗鼓的干，有将辽东二十万大军变成袁家军的可能，这是皇上绝对不能容忍的，但袁崇焕确实是个将才，从宁远大捷和东南大捷可以看出此人领兵卓有成效，在此多事之秋，还是不动他为好。
韩爌此人刚正不阿，对事不对人，他不管是谁在辽东总督的位置上，只要此人能抵抗建虏，那就不能轻易撤换，杨镐就是前车之鉴，大明萨尔浒一战精锐尽丧，十年了都还没有缓过来，军报说袁崇焕好不容易练出了一支关宁铁骑，可不能让这只精锐部队再折了。
想到此韩爌立刻劝崇祯道：“圣上，自古兵法有云，将在外君命有所不受，既然皇上信任袁崇焕，那现在就不能动他，他既然已经上书五年平辽，那姑且信他，如果真有问题再斩他不迟，而且据臣了解，袁崇焕督师辽东已有成效，麾下两万精骑已经可以和八旗军抗衡，现在撤换他，群龙无首，恐怕会出乱子，为今之计应当安抚袁崇焕并且圣上要绝对支持他，以安军心民心，另外毛文龙虽然有功于社稷，可是不法之事臣也有所耳闻，即便是三司会审，恐怕其罪也是当斩，既然毛文龙已死，折子上又说他的儿子和部下已经被安抚，那么就只有委屈下毛文龙将此事扛下来了，臣建议，立刻褒奖袁崇焕，但只赏金银绸缎不封官职，我想袁崇焕应该明白圣上的意思，另外皇上立刻拟旨宣布将毛文龙的罪行昭告天下，毛文龙本就和阉党魏忠贤过从甚密，竟然在皮岛上还给魏忠贤修建生祠，京师里也有他的东江联络点，臣以为应立刻发兵铲除联络点，施放明确信号给天下人。”
崇祯发了一通火之后慢慢冷静了下来，韩爌所说乃是老成持重之言，确实，现在还需要袁崇焕收拾辽东局面，毕竟五年平辽的话还萦绕耳边，如果现在换将那天下人会指摘自己疑心病太重，正所谓疑人不用，用人不疑，罢了就按韩爌说的办吧。他立刻指示王承恩拟旨，将韩爌的建议落实，并赏赐褒奖了袁崇焕。一时间辽东局势大定，袁崇焕又将赏赐的金银绸缎分发给了麾下关宁军将士，两万士卒欢呼震天，士气高涨。
就在辽东发生了这么多大事的时候，太平府江南制造总局的靶场上炮声震天，总局仿制的大将军炮和红夷大炮已经是成功试射。
大明对于火炮技术是限制的很严格的，民间和军阀一般是不可能搞到火炮生产技术的。因为火炮威力大，堪称大杀器，明军又是以火炮见长，火炮的制造就集中在南北军器局的手里，地方上最多有一些小型佛郎机，子母炮，土炮，大抬枪之类的东西，大将军炮和红夷大炮是绝对没有的，刘毅目前的炮兵部队装备的主要是佛郎机和飞雷炮，这些都是近防炮，不能进行远距离火力打击，所以刘毅责成制造总局，将太平府境内拥有的大将军炮和红夷大炮数门集中起来进行研究，然后进行仿制改进，希望能制造出适合青弋军使用的炮火，毕竟此时大将军炮和红夷大炮的自重太大，搬运不方便，射击角度也很难调节，攻城或者攻击固定目标不错，但是野战恐怕效果差很多。
而且大明的铸炮工艺普遍是泥模法，泥模法的本质就是先制成一个圆柱形的形芯，再制作一个外范。将形芯外范合体后再进行浇铸，最后再经过齐口、打磨、钻火门，一门火炮才算制成。泥模铸炮法沿用数百年，堪称成熟的铸炮技术，但缺点也很明显。一是外范和形芯用粘土制成，透气性低，很难干透，经过炭火烘烤经常外干内湿，浇铸时产生潮气，使所铸火炮经常有蜂窝状孔穴。故泥模铸炮经常出现残次品，《西法神机》中甚至有“铸百得一，即为国手”这种夸张的说法。二是由于火炮浇铸完成后需要将泥模打碎取出火炮，所以每铸一门火炮就要专门制作一个模具，且《海国图志》中曾记载泥模“非一月不能干透，若值冬令雨雪阴寒，晴霁绝少，则非三两月不能干透”，极其费时费力，而且难以实现火炮制造的标准化。三是铁水浇入模具时经常扰动形芯，使铸造出的火炮炮膛不在炮身的中轴线上，再加上火炮后续的镗孔、打磨工艺粗糙，火炮的射击精度会很差。种种因素导致泥模炮不仅粗笨，而且多铸造缺陷，表面粗糙。
在毕懋康，鲁超，谢伟甚至宋应星也来建言献策的不懈努力下，总局终于在泥模法的基础上开辟了铁模法的新道路。和泥模法相似，铁模法第一步也是制模。用粘土制成泥炮和分段的外模，然后再分段铸造铁模，每段铁模都分为两瓣（四千斤以上大炮要分为三瓣）。铸造火炮时，先用细稻壳灰混合细沙泥调水，粉刷铁模内壁，再用上等极细窑煤灰调水粉刷。将每段铁模两瓣相合如合瓦形，用铁箍箍紧烘热，再将每段铁模节节相续拼接在一起。之后便是和泥模铸炮一样用铁水浇铸。火炮制成后，就可以按瓣次序，“如脱笋壳状”剥取铁模。此时火炮还未冷却，处于红热状态，如果炮身上有不平之处，即可用工具直接平整。且取出形芯除净炮膛内的泥胚后，炮膛内“天然光滑”，不需要再镗孔或者打磨。
在使用此法之后青弋军所用火炮的可靠性比现在大明其他地方的火炮要耐用的多，在极限射击的情况下，铁模法铸造的火炮可以连续射击三十次不散热才会炸膛，而泥模法铸造的火炮一般极限是连续十发，这在战场上就取得了无以伦比的优势。而且由于气密性的提高，太平府所生产的红夷大炮比寻常的红夷大炮射程多出百步。
另外为了解决火炮移动和射角的问题，刘毅首先提出了效仿明军的车营将火炮和板车结合起来的做法，只是有了更加好的改进方案，他想起了拿破仑时期的加农炮运输方式，并不像现在的大明火炮配备两个大木轮，而是放在炮车之上，炮车配备四个木轮增加稳定性和机动能力，这样在机动时只需要直接在炮车前套上几匹健马就可以立刻拉动了。
宋应星这个物理大师更是利用减速齿轮的原理，使用小齿轮带动大齿轮，发明了磨盘底座。（历史上磨盘底座是由民族英雄林则徐发明，有兴趣的朋友可以查阅相关资料。）并且在大炮炮管的最后方加装一个螺纹柱，这样炮手只要转动螺纹柱底端的手柄就可以调整火炮的俯仰角，而只要转动磨盘侧面的手柄，用从小到大的几个齿轮互相连接，在极其省力的情况下就能转动炮身下的磨盘，实现火炮的一百八十度旋转。实在是军国利器。
另外毕懋康身上有早年孙元化编着的西法神机一书，上面详细记载了火炮射击，测距，诸元的标定方法，毕懋康亲自授课，组织青弋军炮兵军官进行学习，包括装药量对射击距离的影响，一些简单的圆规方矩器具的应用，如何在图纸上标定诸元等等，都需要一一考核，而且火炮在正式射击之前一定要预先进行试射，利用试射的情况来判断正式射击的角度，并且刘毅找郑芝龙订购了一批荷兰千里镜配发炮兵，每个小旗官一个，这样就更加方便了。现在的青弋军炮兵已经要略微领先于整个时代，领先主要是体现在训练和射击的方式方法上，有了系统性的概念。而另一方面在辅助工具上也要强出很多，最起码刘毅在这方面是舍得花大钱购置辅助工具的。