抓捕士子，这在大明是很少见的事情，大明一向对于这些士子们极为优待，只要是个秀才，就拥有见官不跪的权力，即便是州县正印，也拿他们没有办法，因为就算是秀才，州县正印想要褫夺他们的功名都得先行文学政衙门再说，再加上这帮士子们背后还都有士绅们撑腰，州县官司还真不好管他们。
他们就更加的有恃无恐，不把朝廷官府当回事，尤其是在东南就更是如此，他们根本不怕朝廷的官府，朝廷在这里的存在感本就不强，地方官府就更加弱势了，这些士子们久而久之对于朝廷法度，官府威严根本没有任何敬畏之心。他们认为张居正抓捕士子是在挑衅他们。
面对张居正动用督师标营抓捕闹事的士子，他们更加激烈的反抗，甚至有人借机闹事，打砸商铺，这下张居正可没有惯着他们，随即以生员作乱为由下令南京戒严，更加大规模的抓捕闹事的生员，同时张居正借机派遣官军进驻各个书院，强势先将南京各书院接管了。
面对张居正的强势，士绅们这才惊讶的发现自己之前的能够威胁张居正的手段都没有任何作用，张居正根本不把什么士林清议当回事情，张居正直接动用官军对付这帮生员，而且张居正动用的不是东南的官军，而是自己从京师带来的督师标营。
吴惟忠部虽然也是浙兵出身，但是在北直隶几经整补，向吴惟忠部补充了大量的北方兵员，现在的吴惟忠部，虽然其中的一些军官还是浙江人，但是其中有大量的蓟镇军官，他们和浙直的士绅们没有任何关系，也不怕什么士子生员，在北方，士绅们可不敢有这么大的胆子。
张居正正是依靠着这六千督师标营，将整个南京城内的书院和士子们给收拾了，随后张居正传檄浙直总兵俞大猷，要求浙直总兵俞大猷提兵防备，严防各地造反作乱。
而做完这些之后，张居正一面上疏朱载坖，将南京的事情定性为内乱的十恶大罪，要求朱载坖派遣钦差严查此案，同时据南京锦衣卫获取的口供，华家也有子弟参与了南京的内乱，张居正随即下令在无锡县的掌南京锦衣卫事严绍庭，查抄华家，获取证据，同时传檄浙直总兵俞大猷派兵协助严绍庭，防止有人袭击锦衣卫并且毁灭证据。
收到张居正的命令之后，严绍庭随即指挥锦衣校尉查抄华家，收到消息的士子们当然不肯，和锦衣卫发生了冲突，严绍庭随即下令将带头闹事的士子当场格杀，才震慑了这帮士子。
锦衣卫从华察的庄园之内确实发现了苏州御窑厂的金砖，还有大量的军器等物，这两件事单独出现问题都不是很大，现在苏松本地的富商大户，违规使用金砖的多了去了，只要肯出钱，这些都不是事情，拥有一些武器，在大明也不算什么事情，富户为了保护自家的庄园财产，有一些家丁护院，这在大明不足为奇，虽然不合法，但是一般官府也不会上纲上线。
但是这两件事情一起出现，违制使用金砖和拥有大量军器，再加上又是锦衣卫来办的此案，华家这次已经是在劫难逃了，取得这些物证之后，严绍庭在无锡县令和常州知府的见证下将一应人犯物证存案，押解南京。
朱载坖收到张居正的奏疏之中，当即召集廷议，内阁、六部、都察院、大理寺、通政司的主官们悉数参加，就张居正上奏的事情商量，首先朱载坖将张居正的奏疏给重臣们传阅。
朱载坖说道：“南京逆案，令朕寝食难安，国朝留都，竟发生这样的逆案，朕以何面目去见列祖列宗啊！南京烂了，朕心要碎了。祖宗把江山交到朕的手里，却搞成了这个样子，朕是痛心疾首。朕有罪于国家，愧对祖宗，愧对天地，朕恨不得自己罢免了自己！”
一众臣子们赶紧请罪，并劝慰朱载坖，内阁首辅徐阶出班说道：“陛下，若是有罪，臣罪当诛！先帝简拔臣备位内阁，陛下信重，仍任臣为首揆，而今南京变乱，逆案陡生，臣难辞其咎，请陛下重治臣罪，以慰先帝之灵也！”
内阁首辅徐阶都亲自请罪了，一众阁臣部臣们也纷纷请罪，朱载坖不得不默默的在心里给徐阁老点了赞，徐阶就是反应快，一下子就能明白朱载坖的意图，其实朱载坖为什么要先发制人说着一段，就是为了将此案的性质定下来，南京的事情，就是内乱逆案，这一点不容变更，徐阶和朱载坖一唱一和，就把此事定下来了。
朱载坖说道：“此等大案，三法司有何话说？”面对朱载坖的询问，刑部尚书黄光昇、左都御史葛守礼、大理寺卿冯天驭三人面面相觑，都不愿率先说话，他们清楚，此案可不是好办的，搞得不好就得折进去，朱载坖和内阁是铁了心要将此案办成铁案的，但是东南士绅们怎么会坐以待毙，肯定会想方设法加以反击。
谁去办理此案，恐怕都没有好果子吃。
朱载坖见三法司都不说话，冷笑着说道：“朕是奇了，朝廷的三法司办不了此案吗？那就厂卫来办，你们看可好啊？”
这下左都御史葛守礼不得不出来说道：“陛下，厂卫并非法司衙门，此案牵涉甚广，一旦定案，株连必多，以厂卫办理此案，恐人心不服啊！”
黄光昇、冯天驭也是出来与葛守礼一样的说辞，朱载坖随即就说道：“那你们说此案怎么办？”
葛守礼说道：“陛下，三法司中，大理寺复核，都察院监察，刑部才是承办此案的衙门。”
刑部尚书黄光昇心中一万头草泥马奔腾，好你个葛守礼，自己站在干岸上，就准备把刑部踢下水是吧？黄光昇随即说道：“陛下，大案宜速，不若有张阁老在南京将此案审结，在将卷宗送京师，三法司一道会审。”
黄光昇的想法很简单，要下水就都下水，谁也别想跑路。