当初甘丹颇章新政权建立后，五世达赖痛感各类专门人才的缺乏，于是在哲蚌寺内设立了一个学习班，课程包括：藏文法；显宗经典；密经咒及法事仪轨；医学；天文气象；歌舞；建筑；工艺雕塑、绘画、书法、坛城制作、唐卡制作；藏蒙汉简史。这是一座综合性学校，以佛教相关的课程为主，但对学员的年龄和学制没有统一严格的规定。
娘热沟秋游后的第二年，五世达赖把桑结接到宫中，那时他八岁，不久，即送到哲蚌学习班，去掉了其名字中显示家族的“仲麦”二字，另取名“桑结嘉措”。临去学校前，佛爷还特意嘱咐：“桑结啊，在学院里，不要讲出我们的关系，你对自己的要求与其他同学一样，不许有任何特殊之处。平时就住在寺里，只在放假时，才可回宫来。”
小桑结也觉出自己与佛爷的关系不一般，眨眨眼天真地说：“佛爷啦，以后我还叫您佛爷吗？”
五世达赖摸摸他的扁头，慈爱的说：“单独在一起时，就叫阿伯吧。”
每次放假回宫，桑结总要路过一座小庙，只有一间殿堂，旁边一间小屋住着一位看庙的老喇嘛。这样的小庙在藏区村镇很多，开始并未引起他的注意，后来发现庙里香火很旺，还有不少看得出是外地的人也来磕头礼拜。小孩子好奇，有一次随在大人后面进去探看，只见那尊塑像面貌凶暴，血口大张，骑一只大黑羊，吓得小桑结不由吐舌吸气，一口气跑回宫中，进门就问：“阿伯啦，下面那个小庙里的大神是谁？好吓人啊。”
“孩子，你还小，过几年阿伯讲给你。”
听得出，阿伯的语气有些沉重。
与桑结一个班里的同学多是蒙藏上层人物子弟，后来出了不少有影响的人物，其中有准噶尔蒙古王子噶尔丹、阿拉布坦、贵族子弟康济鼎、昌都望族子弟帕巴、哲蚌池巴小根敦活佛等。班里只有两名平民出身的学生，一个是种出雪域头一棵茶树的洛追加措，另一个是扎什伦布寺推荐的那位懂得尿诊的民间草医的孙子——塔布。他们二人深知机会来之不易，学习刻苦，成绩优异。
桑结最初给人的感觉则是，身份神秘，说不上什么来头，也没什么可以挖掘的资历。他好奇心极强，什么事情都想尝试一番，且悟性不凡，在校学习14年，几乎各科成绩都列全班第一。他与洛追和塔布是最要好的朋友，三人也最出色，被称为哲蚌三高足。
虽然桑结按佛爷吩咐，并无透漏半点他的身世来历，但时间一长，他与佛爷的关系还是暴露了。有一次，五世达赖去观看学员们辩经，结束后，经师请佛爷为学员戴红绳结，赐福。这时一个意外发生了。
佛爷喂着一只微型藏獒，个头和小兔子差不多，皮毛光滑，颜色火红，即使在藏地也极为珍罕。小家伙敏锐灵动，颇通人性，主人总是把它拢在袖里。轮到桑结时，小家伙嗅到了熟悉的气味，“嗖”一下从佛爷的袖中蹿到桑结的肩膀上，用小嘴巴在他耳朵上来回蹭着。这一幕在场的人都目睹了，周围一下子鸦雀无声。每一个人心里都明白了桑结与至高的佛爷之间有着某种特殊而亲密的关系。真相暴露的那种感觉使桑结头也不敢抬，就匆匆过去了。
很快，他就发现自己孤立了。每一个人都同他保持着一定距离，既不靠近也不完全躲开，用一种异样的目光打量他，然后互相交头接耳、嘀嘀咕咕，他往前走，那些人会自动后退，还是保持那个距离。不得已打照面时，有的低下头，有的挤点笑容，连一向仪容端肃的经师也变得客客气气。他去找塔布和洛追，正巧二人过来，洛追居然拉着塔布绕了一下，装作没看见，塔布偷着瞄一眼，好像带点儿歉意。
到第三天，他觉着自己要崩溃了。“天哪！这是怎么了？熟悉的同学甚至最要好的朋友突然都变得如此冷漠，谁告诉我为什么？”别人都睡下了，唯有这个少年在夜色里抱着一棵大树几乎要哭喊出来——那时他才十五六岁。
这时，背后一只手拍在他肩膀上，他一惊回过头去，看不大清，好像有点儿面熟。那人搂着他肩膀慢慢走着，边走边说：“你别在意，暂时的。突然得知一个人与至尊的佛爷有不同寻常的关系，出现这种反应是正常的，过几天就会逐渐恢复了，你越正常，恢复得越快。我是厄鲁特蒙古人，叫噶尔丹，比你高两届。这么吧，我屋里有个空床，你今晚睡一宿。”
就这样，两人结识并成了关系不错的朋友。
果然没过几天，大家好像约定好似的又都同过去一样了，但是桑结能觉出其中多了些什么少了些什么，和过去不完全一样了。洛追和塔布是最后才恢复过来的。后来桑结问过这事，塔布说：“我们出身低微，平时看不惯那些贵族子弟的作派，于是认为你过去的样子是装出来的。后来发现桑结还是桑结，你同他们不—样，我们又后悔了，你知道洛追耿直，别不过这股劲，还是我拉着他找你的。”
同噶尔丹在一起，桑结会有一种全新的感受。这个人中等个头，头发茬粗硬，一对不大的眼睛机警深沉，举手投足自来带着敏捷精悍。他不光谈佛论经，还视野开阔，关心大事。他的消息多，内地的、喀尔喀及安多的事情都知道，连朝廷的事儿也能说出一二。他经常对国运时政发表评论，有的见解真是闻所未闻。桑结承认，从他那里学到不少东西。洛追和塔布因此也与噶尔丹有了些接触。
有一次，噶尔丹道出了身世，桑结大惊。原来他正是漠西准噶尔部汗王巴图尔浑之子，父亲死后，长兄僧格继位，十来岁的噶尔丹怀抱济世利民的一腔热血立志出家，游学西藏，并进入哲蚌。几年下来，他以广博的知识，天生的豪迈之气，善于同各类人打成一片的风格，在学员中很有威望，就连拉布、擦绒、索南几家大贵族的子弟也对其傧服，但除了桑结，无人知晓他的真实身份。
一次放假回宫，桑结一进门就喊：“阿伯啦，告诉你一件事。”五世达赖听完也甚感惊奇，立命侍从通知噶尔丹明日进宫。后来，五世达赖又多次召见噶尔丹，考察学业，鼓励慰勉。
康熙九年，噶尔丹二十七岁，准噶尔部落上层火并，僧格被刺身亡，内部混乱，僧格长子索南木拉密遣人入藏请叔父回去主持平叛。噶尔丹行前特到宫中向五世达赖请辞，在叙述了事情经过后，说：“哲蚌数年，承蒙佛爷多方关照，今学业未成，实不忍相离，世法无常，不知何日再拜于足下受教，万望赏赐一物以为纪念。”
五世达赖环顾左右，命益西捧过一条黄缎大哈达，施法加持后赐予噶尔丹。噶尔丹领受后说：“此去当以利济众生、宏扬黄教为念，乞佛爷遥加护佑。”
噶尔丹返新疆后，打出达赖佛爷弟子的招牌，扯出黄缎哈达为旗帜，很快集结了许多人马，将对方击败，扶索南木拉继任首领。两名凶手逃逸一个活捉一个，审讯后，才知安多七王子系长兄被刺的幕后主使。
这遇刺的僧格即是乌兰和硕一战中立了大功劳的僧格将军，索南木拉即前文提到的却图汗小妃所生之子，自幼随母嫁到准噶尔，僧格视若己出，阿明达热（固始汗之女）也生有一子，名阿拉布坦，时年十六七岁，后被噶尔丹送入拉萨学习，与桑结同班。
族人因索南木拉非僧格亲出，多有不服，部落刚稳又呈乱象，噶尔丹一不做二不休，索性自立为首领，双方混战中，索南木拉被杀。他将讯息报到宫中，五世达赖写去一信，赠予其“博硕克图汗”称号，并忠告归顺大清，方可长久保住汗位，巩固地盘。
噶尔丹接信后即派使者向朝廷进贡表示归顺，得到清政府承认和赏赐。他按照当时蒙古部落习俗，将索南木拉两个妻子纳入帐中，又见小妃和阿明达热虽近六旬余韵尚存，均一并收下。
尔后两年中，噶尔丹将厄鲁特的另两个部落杜尔伯特和土尔扈特都收归麾下，又征服了信仰伊斯兰教的民族，统一了天山南北广大地区，势力大大增强，客观上遏制了沙俄东扩的野心。但噶尔丹不甘心仅仅称雄漠西，他建立了准噶尔汗国，自称大汗，规划了先统一厄鲁特再统一全蒙古的霸业蓝图，要做第二个成吉思汗
再说顺治皇帝。早在固始汗去世五年后的1661年，顺治皇帝即下诏传位，玄晔继统，是为康熙。顺治帝乃24岁的青年，此前并无病状，诏书中也语意含糊，加之在位时笃信佛教，拜僧为师，逐致朝野议论纷纷，多言其因董妃之死看破红尘。时人吴梅村有诗曰：“双成明靓影徘徊，玉作屏风璧作台。薤露雕残千里草，清凉山下六龙来。”清凉山即五台山，至今仍有顺治帝出家的多处遗迹，如清凉寺、镇海寺、上善财洞等，且上善财洞墙壁上题有顺治亲笔所书诗一首，可惜文革中被毁。
得知此消息后，五世达赖上书朝廷，对顺治英年早去深表思念，感谢朝廷对自己一贯的信任与诚意，并在布达拉宫中的大皇帝万岁牌前合十顶礼后，沉默片刻，心中已然明白这佛缘今生难了后世当续。
这一年，还发生了一件大事：四世班禅罗桑曲结在扎什伦布寺圆寂，俗寿92岁。 卧病时，五世达赖曾派侍从送去礼品慰问，得知四世班禅圆寂的消息后，五世达赖非常悲痛，适逢宫中正为顺治皇帝举办七七四十九日祈福大法会，故特意委派益西总管代表向法体敬献哈达，给扎寺发放布施，同时传下法谕，命卫、藏、阿里、甘、青、康所有黄庙全体喇嘛为四世班禅早日转世诵经祈祷。上报朝廷后，康熙“遣官致祭”。鉴于四世班禅佛法精深、功劳卓着，扎寺决定建灵塔供养其法身，从此，为班禅建灵塔成为惯例。
康熙登基后，每年仍派专使持亲笔信和贵重礼物入藏慰问达赖、班禅。当时的云南王吴三桂看到清帝对五世达赖崇信有加，于是也极力示好，每年派使者向五世达赖送礼，给各大寺熬茶放布施。康熙在更为复杂的背景下，继承“尊黄”政策。