当后金入关的消息传到京师时，原本还正为招抚流贼投降而高兴的崇祯皇帝立时大惊失色。
他当即严下旨意，命山西、河北各地方守城官员务必守住城池，如城池被破，地方守官立即重典处死，全家流放。
对于崇祯皇帝的这道旨意，各地方守官却是当做了耳旁风。
等到后金军兵临城下之时，各地方守官无不胆怯怕死，不敢应战，要么紧闭城门发射大炮壮胆，要么直接弃城逃跑。
南山参将毛镔，带部分官军支援永宁，永宁城的守将担心他是后金军假扮的，四门紧闭。
守将在城上与毛镔对话许久，也不敢放毛镔进来。
守城官员惧怕后金兵到如此地步，让人啼笑皆非。
随着后金兵越加深入到山西、河北境内，紫禁城中的崇祯皇帝越加惊慌起来。
他又一次下令，宣布京师戒严，并急调陈奇瑜领兵前来勤王。
可还没等崇祯皇帝的圣旨发出紫禁城，陈奇瑜快马送来了一封请罪奏折。
崇祯打开折子一看后，脸色再次变得阴沉。
才刚招抚没几天的李自成等流贼竟然复又反叛了。
崇祯盛怒之极，当下旨意，如若一月之内未能剿灭流贼，将严惩不怠。
陈奇瑜的援兵是不指望了，崇祯只好将正在围剿高迎祥的三边总督洪承畴抽调出来，领兵进京勤王。
崇祯的这一昏招，更加使得陈奇瑜围剿流贼的兵力不足，包围流贼的打算也彻底落空了。
崇祯七年七月二十五日。
后金军分兵克灵丘，破保安，突入内长城，越过保定，进至安州。
安州至京师只有两百里之遥，骑兵纵马疾驰也就一日能达。
当崇祯收到保定巡抚的急报后，又一次吓的大惊失色，急下圣旨，令河南、山东总兵领兵进京勤王。
而对于这次后金军入寇之事，被多次受到惊吓的崇祯皇帝自然要找人出来问罪了。
很快，宣大总督张宗衡、宣府巡抚焦源清、大同巡抚胡沾恩、山西巡抚戴君恩均以治疆罔效、御虏无功等罪名被罢斥听候，三镇总兵与监视太监也同样被免，大明官场掀起了一波大地震。
可是，新接任的宣大总督杨嗣昌、宣府巡抚陈新甲、宣府总兵卢抱忠等人在崇祯皇帝的殷殷期盼下，依旧是没有挽回败坏的局势。
后金军在山西及河北如入无人之境，没有遇到半点的阻碍。
八月初，后金军二十来个骑兵在山西淳县掠获妇女小孩千余人，经过代州城下时，望见城上自己的亲人，互相悲啼，城上明军却不敢发一矢，任后金兵从容过去。
崇祯听到后，更是气的直跺脚，但却又无可奈何。
随着时间来到八月初十。
洪承畴率领的五万明军也终于赶到了京师。
崇祯闻讯后大喜，提心吊胆的心也略微安定了一些。
可还没等崇祯安定多久，大同又传来求援急报，皇太极领兵三万，正在猛攻大同。
尽管守卫大同的是总兵曹文诏，也是能征善战的一名猛将。
但面对三万后金军的进攻，曹文诏也只能死守大同。
崇祯无奈，只得从辽东抽调关宁铁骑，日夜兼程奔赴大同救援。
......
崇祯七年八月底。
后金军已是在大明境内劫掠了快两月之久，被后金军攻陷的城池多达十二座，而明军却依旧是按兵不敢战，死守城池。
皇太极见劫掠已是足够，遂挥师向东转进，进攻宣府镇万全左卫，斩杀守备常汝忠，歼灭明军千余人，而后从尚方堡出塞，班师回沈阳。
至此，后金第二次入关结束。
此次，后金共劫掠人口二十万余，牲畜三十多万头，钱财三百万余两，自身损失几乎不计。
而明军却是伤亡三万多人，山西大同及宣府境内可谓是一片残破。
......
就在后金军在大明境内四处劫掠之时，陕西的陈奇瑜也陷入了剿贼困境。
自崇祯召洪承畴领兵进京勤王后，由于剿贼兵力的不足，包围流贼的圈子也出现了漏洞。
尽管陈奇瑜一刻不敢停歇的追击流贼，但奈何流贼的战术撤退着实厉害，任凭陈奇瑜如何的追击，流贼总能逃脱掉。
就这样，陈奇瑜一边追，流贼一边逃。
在逃跑的过程中，李自成等流贼会合了闯王高迎祥，人马再次扩大到二十余万人了。
这下，陈奇瑜彻底醒悟了过来。
他连忙停下了追击，命河南、湖广、四川、山西四省官军进入陕西，合剿流贼。
在进剿的过程中，流贼的实力也在逐渐变得强大。
参与进剿的湖广副总兵杨正芳及部将张士达由于轻兵冒进，在汉中被埋伏的流贼斩杀。
这两位官军将领的阵亡，使得进剿的四省官军变的更加小心翼翼，再也不敢轻兵冒进。
这也给了高迎祥李自成等流贼逃脱的机会。
四省官军围剿，高迎祥李自成等流贼就是再自大，也不敢主动去与官军正面对阵。
因此，面对四省官军的四面包围，高迎祥李自成等流贼不得不再次跑路了。
于是，高迎祥李自成等流贼遂分兵三路，一路往庆阳，一路进湖广郧阳，一路进河南。
流贼分散逃跑了，陈奇瑜彻底傻眼。
眼瞅着崇祯规定的剿贼期限已到，陈奇瑜只好听天事尽人命，尽着自己最后的职责，将流贼围剿到底。
也许崇祯是被后金军入寇的事情耽误了，限定陈奇瑜剿贼的期限已是过去了十来日，仍不见紫禁城传来旨意。
陈奇瑜不由的心中庆幸，难道陛下是要我戴罪立功。
可还未等陈奇瑜庆幸多久，八月二十日，崇祯皇帝终于来了旨意。
因陈奇瑜剿贼不力，招抚流贼复又反叛，局势崩坏，其纵寇、玩寇及欺君三罪实难饶恕。
原本廷议是将陈奇瑜斩首问罪，后崇祯念其剿贼劳苦，便只夺去五省总督之职，遣戍边地。
另游击将军唐通、神木道参将刘迁、靖边道参将夏镐、榆林卫指挥佥事李耀四人也被夺去官职，押入锦衣卫诏狱，加以审讯是否有通贼之嫌。
至于尤世禄、刘博源等将领，皆留职听用，戴罪立功。
崇祯在这个时候撤下了陈奇瑜，却没有及时安排接任者。
这使得剿贼工作没有了指挥，各省官军只得守住要地。
李自成等流贼也趁此时机，再次在河南、湖广等地肆虐。
两省巡抚无奈，求救的奏折如雪花般的飞入紫禁城。