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“下诏嘛，还是要下的。（明安南对我大明还有敬畏之心。朕这一封诏过去，安南多多少少也要做点让步，即使不让步，我大明也没什么损失，不过是浪费了一张纸而已。”
朱由检这番言论，很多阁臣心中都不以为然，心想皇帝发了诏人家不理，那大明岂不脸上无光？其实朱由检也知道他们必会这么想，没办法，当“天朝上国”太久了，脑筋一时转不过弯来也正常，现在只要不反对就行啦。
于是他接着说道：“不过朕也不想把调门提得太高，让安南直接退兵，估计安南不肯。而朝廷从镇南关出兵用处不大，不知各位注意到没有，按张煌言所奏，安南北方是郑主掌权，侵略真腊的却是南方的阮主，我们出兵去打郑主，反倒是帮了阮主的忙。”
这番话倒是让阁臣们频频点头，尤其是钱龙锡、成基命、徐光启、杨嗣昌等务实派。朱由检便接着道：“朕看这诏不妨这么写：命张煌言为特使，居中调停安南与真腊之争。先把战争停下来，把真腊保住再说，至于安南有何无理要求，无非是漫天要价，坐地还钱。可让张煌言告诉真腊国王，多在谈判桌上拖延时间，同时暗中积蓄力量，不必急于反击。毕竟安南是客军，兵力最多不过二三万，能真正占领多少地方？且待时局稍定，再做理会。”
既然皇帝发话，而且看起来确实是个折衷意见，对李标和周延儒的面子都照顾到了，阁臣们也就不再有异议。其实朱由检真正的想法，既不是大举进兵灭了安南，因为现在根本没那个能力；更不是纵容安南，坐视其吞并真腊。而是想待平叛之后，寻机让海军先敲打安南一顿，因为安南海军弱小到可以忽略不计，这是稳赚不赔的买卖，基本相当于让海军练兵
。不过要出动海军，必然要花费不菲的军费，现在就说出来，肯定有阁臣跳出来反对，所以朱由检选择暂时不说。
议完了这件相对不太重要的事，接下来就要商讨最重要的平叛军事行动了。阁臣们的态度大体分为三派：
一派以东林党人，即首辅李标、次辅钱龙锡、兵部尚王洽为首，认为南京万万不可失守，在朝廷兵力不足的情况下，应该先确保南京不失。因此除命令卢象升全力驰援南京外，戚显宗应放弃湖口，退守南京，孙传庭部也应放弃攻打岳州，转而追击洪承畴的军队。
另一派以兵部侍郎杨嗣昌、工部尚徐光启为主，还包括刚从四川赶回京师，经过一年历练、已经比较知兵的成基命。他们认为叛军做出会攻南京的姿态，也许是故意诈官军去守。一旦官军上当，方寸大乱地往南京赶，则叛军活动空间骤然变大，可能会与官军玩起猫捉老鼠的游戏，平叛必然拖延时日。因此主张除卢象升驰援南京外，戚显宗仍扼守湖口，孙传庭部仍按原计划直捣叛军老巢岳州。
第三派则是中间派，以温体仁、周延儒等人为主。其实说“中间派”都是高抬了他们，他们实则没有任何见解，但是不发表意见又不行，于是只是给另外两派的方案挑毛病，说这也不行那也有漏洞，最后还是“恭请圣裁”。
朱由检充分听取了阁臣们的意见，其实他心中也非常纠结。从理智上，他倾向于杨嗣昌的方案，毕竟他做为穿越之人，深知流贼到处流窜的巨大危害，不想破坏目前战场上的有利局面。
可是另外一方面，他也很清楚南京守军根本靠不住，即使有王在晋坐镇，即使有关宁铁骑，如果流贼真的集结几十万大军拼死攻击，后果还真不好预料，毕竟南京不像京师，有大量火器可用。一旦南京丢失，后果将是灾难性的，不但全城百姓涂炭，而且叛军可乘胜进入江南地区，蹂躏朝廷财赋根本之地，那大明就万劫不复了。
而且目前他的手中已经无牌可打，所有能调动、管用的军队已经都撒出去了。后勤能力也已经达到所能承受的极限，甚至即使再维持一到两个月都不可能。思前想后，朱由检还是决定持重为上，先守南京。当然，不是消极地守，而是要尽可能把流贼歼灭在南京城下。
直到第二天将近五更天，朱由检终于做出决定：令卢象升部全力驰援南京；孙传庭部放弃进攻岳州，转而向东移动，争蓉组承畴；只有戚显宗的北海舰队仍继续扼守湖口，因为只要守口，就不必担心叛军沿江而下。这也算是把两派的方案折衷了一下，因此阁臣们也就没再反对。只有杨嗣昌仍担心流贼四处流窜的问题，但能动用的兵力就是这么多，他也没有更好的办法。
大事议定，朱由检打了个长长的呵欠，伸了伸懒腰。就在阁臣们以为可以回家休息的时候，朱由检突然笑道：“朕突然想到一件事。今夜朕召集各位大人，耽误了不少时间。须知军情如火，以后老这样可不成啊。”
阁臣们登时惶恐起来，刚要请罪，却听朱由检说：“其实若非紧急军情，朕也不忍心把各位大人召来，平常事务由值班阁臣处置就可以了嘛。而且六部尚各司其职，因为议军情而耽误了本部事务，也不大好。朕倒是觉得，可以另设一个‘军机处’，专门处置紧急军情。成员可由阁臣兼任，也可以有其他官员，总之都要知兵。再有这样军情，军机处可先为朕参赞，各位大人就不用这么辛苦了。”
在座的阁臣都是什么人？那都是人精里的人精，立刻就明白了皇帝的真实用意：要用这个“军机处”，来和内阁分权！首辅李标本能地就想反对，钱龙锡却轻扯了他一下，朗声应道：“臣以为陛下所言甚善，应设军机处！”