郑成功用谈判的方式教训了嚣张不可一世的荷兰侵略者，这些红毛贼撂下狠话，拂袖而去。大批的荷兰军舰，陈兵台海，这些全在朱由崧的掌控之中。
因此，在接到郑成功谈判的正式奏报之后，朱由崧立即召开御前军事会议，出席这次会议的有兵部尚书刘肇基，大学士宋献策，谋臣严锡命，水师统领贺兆雄，郑鸿逵，刘文秀，姚启圣和施琅等等水陆两方面的高级将领。
这次会议的主要议题就是，研究部署攻台方案。一旦荷兰红毛贼进行军事干预，也就是我们武力解决台湾问题之时。
现在朱由崧也推测出来了，荷兰红毛贼突然出面干预，有伪帝朱聿键和郑芝龙的因素在里面，那么现在的海战就需要两线作战。
让文武众将各抒己见之后，朱由崧与铁臂苍龙贺兆雄敲定了最后的分兵方案，对台作战兵分三路，第一路一万水师，由郑成功担任主将，刘国轩担任副将，李全和柳春红夫妇随军听用，由金门出动，最终目标是夺取澎湖列岛，取得制海权，为登岛作战作准备。
第二路也是一万水师，由施琅担任主将，姚启圣为副将，贺金武随军听用，他们这一路人马，从泉州出发，攻击的最终目标是台湾城和赤嵌城，也就是荷兰红毛贼在台湾地区修建的两座城堡。
第三路人马由水师统领贺兆雄亲自担任主将，总共是5000水师，他们担任的主要是前两路人马的补给和运兵任务。
因为这次海战路途遥远，战线较长，后援补给任务非常重要，另外有200艘大型运兵船，朱由崧给他们5万陆军，这两路是海军，一旦得手，贺兆雄负责一次性运载5万陆军，在台登陆作战，5万陆军的主将是由兵部尚书刘肇基担任，降将郑芝莞担任副将，施琅的父亲施大宣和兄弟施显，随军听用。
也就是说，这次对台湾作战朱由崧调集了水陆两方面的人马将近8万人，无论水陆，全部都是精兵良将。
当然，这三路人马首先要对付的是陈兵台海的荷兰舰队。
水师方面，这三路人马装备非常精良，除了配备的大型运兵船之外和执行灵活作战任务的中小型战船，大战船上的火力配备全部是24门装的千斤佛郎机和红衣大炮。每一条这样的大型战船，都可以形成远近交叉火力打击系统。
在福建沿海一带对郑家军作战水师共余人，朱由崧也让他们分兵两路，一路有大将军刘文秀率领8000水师，自西向东进攻平潭岛。
剩下的8000水是为第二路，由郑鸿逵率领，由于这是在他们老家的门口打仗，地理位置应该非常熟悉，朱由崧让他绕着走福宁州，即后世的福建省宁德市一带，自东向西进攻罗源县，两路水师双面夹击，让福建一带的郑家军首尾难顾。
对朱由崧来说，这是第一次运筹跟外国舰队作战，而且是两线作战，不但要对付荷兰侵略者，还要对付郑芝龙的郑家军。
荷兰现在是世界上最大的军事强国，拥有世界上一流的海军舰队。葡萄牙和西班牙已经被他踩在脚下，英法这些后起之秀，现在也只能是望其项背。
因此，对大明历史和世界历史都有掌握的穿越者朱由崧，这一战一点也不敢大意。从最初的设想到，到拿出具体的行动方案，他运筹了多日，注意采纳各方的意见，尤其是郑鸿逵，郑成功，郑芝莞，姚启圣，施朗这些历史名将和郑家军的降将的意见和建议，最终形成了这一套作战方案。
御前会议散去之后，各路主将回去后立即按照朱由崧的旨意，调兵遣将，部署作战兵力，准备打一场大海战，不但要打垮郑家军，还要赶跑荷兰殖民侵略者，一举收复宝岛台湾。
赤嵌城的防务总长巴腾斯被郑成功弄得没有脾气，嚣张，狂妄，强硬，没想到郑成功比他还强硬，被轰出明军大营之后，叫嚣了一阵，登上军舰回到台湾的赤嵌城，见到韦麻郎诉说委屈。
这些殖民侵略者从来没受过这种待遇，在世界各地的弱国面前强横惯了，他们恃强凌弱，嚣张不可一世，在他们面前根本没有道理可言，在他们看来，他们说的和做的就是道理，可以说为所欲为，外交向来都是强者的外交，弱国无外交。
但是这次没想到，大明帝王朱由崧竟然完全无视他们大荷兰王国的感受，只是让一个年轻的海军将领接见了他的大使，一个20多岁的毛头小子把他们的使者及抗议撑了个蛋朝上。
韦麻郎听完巴腾斯的汇报，气的脸也变色了，叫嚣着一定要给大明帝国一次教训。
韦麻郎立即命令海军司令范佩西开始动武。
但是两国之间的动武跟两个人打架还不太一样，不是张口就骂，抬手就打，还需要有借口，还需要宣战等一系列作战前奏。
双方谈判失败可以成为一个借口，军事上还得有摩擦，于是范佩斯一声令下，上百艘荷兰军舰在舰长特鲁伊的指挥下，开到距离泉州湾不足十海里的地方，炫耀武力。
明军的洪山镇炮台，对进入海域的荷兰舰船喊话驱离，并鸣炮示警。但是荷兰军舰根本不听这一套，置若罔闻，仍然我行我素的往前开，而且前面的头舰还开炮还击，打得硝烟四起，水柱冲天。
早有人报于了大将军施琅，施琅奉了朱由崧的旨意之后，和姚启圣，刘国轩，贺金武等水师将领率一万人马刚刚进驻泉州湾，正准备出海对台作战。
施琅闻报勃然大怒，宽宽的脸膛一凝，双眸杀机顿现:“这些红毛贼真是死催的，不过来的也好，省得本大将军漂洋过海了。来人，传本将军的命令，命洪山和崇武两地的岸炮全面还击，封锁出海口，命贺金武部率舰队出击，务必对来犯之敌全部击沉，不许放炮跑一人一舰！”