此次开封大捷，也给了崇祯皇帝和大明朝廷打了一针强心剂。崇祯皇帝立刻要求河南的汝宁军和黑云军加紧追击。更严令三边总督孙传庭的秦军加快出潼关，夹击在河南府的李、罗联军。
在年初，当汪乔年兵败身死，崇祯皇帝从诏狱中重新启用孙传庭时，曾在召对时问他需要多少兵？而孙传庭《铁窗泪》已经唱了三年，对外面的情况不了解，以为农民军的力量还是同当年一样，因此随口回答：有五千精兵就够了。
可是孙传庭到了山西一了解，农民军已经是势大如斯，而秦军已经名不符实，于是他的战略思路立刻转变为，拥兵拒守陕西，不愿出潼关作战。
到了六月间，开封被围，崇祯皇帝多次催促孙传庭赴援，孙传庭总是强调兵饷不足，无法出关作战。并上疏道：“非练兵二万，饷百万不可。”
这个上疏一下子把崇祯皇帝给激怒了。自从崇祯元年的袁崇焕开始，这些统军的督师屡次三番是先夸上海口，占据了职位再说。接着就向朝廷层层加码，并要挟朝廷，有种不达目的不罢休的样子，这怎么不让崇祯皇帝怒火中烧呢？
相比较而言，虽然当年的杨嗣昌总是要求巨额的粮饷供应，但他总没有欺骗崇祯皇帝，这矮子里拔长子，也怪不得崇祯皇帝如此信任他呢。
确实，这次孙传庭可能不是故意欺骗崇祯皇帝的，但是崇祯皇帝也不会管那些客观原因。他认为孙传庭是出尔反尔，因此就在奏疏上批示道：“原议练兵五千可以破贼，何以取盈二万？且百万之饷安能即济？但得饷一月，便当卷甲出关。共图歼荡，不得过执取咎。”
在这种情况下，孙传庭就有些无可奈何了。在诛杀总兵贺人龙整饬军纪后，他就加紧练兵，准备以三边兵力出关同农民军决战。
可在这时。开封已经岌岌可危，崇祯皇帝急不可耐，下诏以巡按御史苏京监延绥、宁夏、甘肃、固原四镇兵，催促孙传庭出关。孙传庭再次上疏说兵是新募来的，缺乏训练，不能打仗。而崇祯皇帝拒绝考虑他的意见。于是孙传庭被迫出师。
九月，秦军以总兵高杰为中军，另调总兵左勷、白广恩、郑嘉栋、牛成虎等部，共二万余大举出潼关。
而在此时，李、罗联军已经在开封城受挫，他们退回到河南府以后。对于下一步的去向有些举棋不定。恰好在此时听闻秦军出关，李自成和罗汝才是大为紧张。他们害怕受到汝宁军和秦军的两路夹击，再次遭遇一次惨败。
可接着李、罗联军却发现汝宁军在河南府的边境上停止了脚步，不再进逼，这才使得他们稍稍有些放心。于是李、罗联军就把次要部队安置到了河南府边境与汝宁军对峙，在其后又安置了大量的老弱妇孺，准备在汝宁军急攻的时候。用老弱妇孺纠缠住汝宁军的脚步。而李、罗联军的主力则是集中在一起，首先先对付刚出关的秦军。
十月初一日，两军在汝阳县地区发生大战。而在战前，孙传庭命总兵郑嘉栋、高杰、左勷等部设下埋伏，由总兵牛成虎领兵出战。等到兵刃既接，牛部伪装战败向后撤退。李自成的闯营果然中计追入伏中，官军伏兵尽起，牛成虎部也回头死斗。农民军大败，向东撤走。
于是秦军在后面紧追不舍，农民军就开始了故伎重演。扔下大量的财物。而秦军见农民军丢下的甲仗物资很多，纷纷争着抢东西，整支军队变得混乱不堪。
而接应的罗汝才部望见李自成的闯营失利，秦军却争夺财物乱成一团，他当机立断就抓住战机出击。不愧为农民军野战第一营的称号。
而秦军措手不及，左勷、萧慎鼎部首先溃败，他部也立脚不住跟着逃窜。农民军转败为胜，杀官军士卒数千名，将校七十八人，夺得大批战马辎重，而秦军逃散被俘者更是不计其数。
孙传庭匆匆收拾败军八千多，立刻就退入潼关。为了严明军纪，他就把萧慎鼎斩首示众。左勷因为是宿将左光先的儿子，只罚他赔偿两千匹战马抵罪。而孙传庭上疏自劾，崇祯皇帝也是无可奈何，只好责成他立功自赎。
而在此战中，汝宁军完全就是再做壁上观，幸灾乐祸般地看着秦军的一败涂地。至于孙传庭的秦军，则是大伤元气。而大明朝曾经最强大的一支三边军就这样烟消云散了，之后他们也完全沦落到了地方保安部队的境地，只能维持西安这一带的治安了。
“|你们说！让我怎么向干妈交待？以后再怎么面对她老人家？张如豹是不是耳朵聋了？连我都话都敢不放在心上。让他封锁住长江和汉江，他都敢把张献忠放进襄阳。让他这个水师统领也不要做了，回家奶孩子去吧！”吴世恭看到了湖广的最新战报，立刻是大发雷霆。
帅帐里的汝宁军军官们都是噤若寒蝉。见到吴世恭的火气一时三刻结束不了，薛永利暗暗挥了挥手，让军官们都先退下去。
“姑爷！节哀顺变！马将军也是为国尽忠，秦将军也不会迁怒姑爷您的。”薛永利规劝道。
而吴世恭发火也有些发累了，他瘫坐在椅子上，拿起桌上的茶壶，口对着茶壶嘴猛喝了几口，接着对薛永利道：“其实张贼和左傻子打起来倒没什么，我最好他们同归于尽。可是一气那左傻子竟然敢把大军撤出襄阳，就把我那马大哥扔在了城里；二气马大哥实在实心眼，早就让他见势不妙逃到咱们汝宁来了，还要为国尽忠，这大明朝又有什么好保的呢？”
当张献忠部农民军在舒城东山再起以后，遭遇了汝宁军两路夹击。幸好张献忠狡诈如狐，顺利地把主力带过长江，从池州地区跳出了汝宁军的包围圈。
之后，没有了汝宁军“关注”的张献忠就开始风生水起了。他连克石台、东至入潘阳湖，并夺双樯大船三百艘，又添造了大批舟舰，募集水手，在潘阳湖中训练水师。而此时张献忠步军兵马也有老哨三十二营、小哨二十四营，兵力又超过了十万。
七月，为了遏制住张献忠部的肆意横行，南京派出了总兵黄得功、刘良佐部共三万余人，之后与张献忠部激战，被张献忠部在正面战场上击败。是役，官军损失超过万人，整个江南都为张献忠部的强悍实力而震怖不已。
之后，张献忠不愿意停留此地，被聚集在东南的官军围攻，因此，他就开始了转战他地，要另开局面。
经过周密考虑之后，张献忠决定率部西入湖北，于是他事先派军师潘独鳌潜入武昌“为内应”。八月下旬，张献忠部已经进至同湖北边境处，联营二十余里。九月初，派出部分军队进攻湖北黄梅，为全师入鄂作准备。
而汝宁军在湖广的部队严格执行了保守的战略，他们只是驻扎在了汝宁军在湖广和南直隶地区里，自己的地盘上，并且掩护住汝宁的南部，而对其他地区的战斗，他们并不随意出击。再加上湖北地区基本上都是左良玉的地盘，因此对张献忠部的西进，汝宁军是乐见其成。
可是左良玉确实也有两把刷子，他集中了自己的主力，在于湖广其他官军共同作战中，在黄梅地区堵击农民军的西进，并击败张献忠部。
由于作战失利，张献忠被迫回返潜山县天堂寨山区，依险待战。而潜伏在武昌的潘独鳌也因为沈会霖告密，被官府擒杀。于是张献忠进军湖北的计划暂时受阻。接着，尾随而来的黄得功、刘良佐等带领士卒偃旗息鼓疾趋潜山，半夜纵火焚烧树林，偷袭农民军营盘。农民军因变起仓猝，山区地形阻格，一时部伍大乱，被官军击败。
接连的失利，使得张献忠是进退维谷。可是在此时，他以前派出去的一支偏师却完全搅乱了湖广官军的大好局面。
为了策应主力西进，张献忠派遣了李定国率五千人在其南侧而行。但李定国迅猛地出兵调动，立刻冲入湖广官军的薄弱地区。之后连克通山、崇阳，并得二股农民军的投靠，加上投军的贫民，人马数一下子就超过了三万。
接着，李定国部在洪湖地区过江，克潜江。而张献忠部的主力也立刻转次为主，跟随着李定国部一同向着襄阳而行。
十月，张献忠部到达荆门，兵力一下子膨胀到了二十万。而作为左良玉将军府驻地的襄阳，就变得是一阵兵荒马乱。
在此以前，为了随时准备逃亡，左良玉就在襄阳大造战舰，而造船的钱粮和民夫，就从襄阳附近的百姓中大肆刮取。而襄阳的老百姓对左军是恨入骨髓，他们暗中放火把左良玉打造的船舰烧毁一空。左良玉闻讯大怒，他索性放手大掠襄阳了，立刻在襄阳城内大索，抢掠了一批商船装载军用物资和掳来的妇女钱财先行运走，自己则领着军队据守襄阳、樊城，准备阻滞张献忠部的前进。